cp2k2024.3运行异常中断

NeedleCandy

背景：版本cp2k-2024.3，用openmp编译的时候注释掉了bashrc的intel mpi，编译完成后取消了注释。

slurm提交作业加了source /data/app_install/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/setup来加载openmp，用官网的exercise测试，奇怪的是迭代了两次就中断了，out文件直接中断无报错，err文件显示：prterun noticed that process rank 15 with PID 3037136 on node dell-PowerEdge-R750 exited on signal 11 (Segmentation fault).

尝试直接在命令栏mpirun -np 64 cp2k.popt in.inp |tee cp2k.out以及注释掉slurm文件里的source /data/app_install/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/setup都可以顺利运行，但是err文件也有内容，且out文件每个部分都会被反复打印，很怪，导致文件很大无法作为附件上传。

ps：又试了一些别的test，发现有的测试两种方法都能运行，openmp运行会快很多很多；有的测试只有一种mpirun可以运行，用intel mpi运行的输出文件都很大很颠，openmp莫名奇妙中断。

感谢各位的解答，相关文件见附件。

1138711019

无法帮你测试，因为你没给H2O.xyz，不过你可是试试换更少一些核心来计算看看

NeedleCandy

1138711019 发表于 2024-12-16 10:26
无法帮你测试，因为你没给H2O.xyz，不过你可是试试换更少一些核心来计算看看

感谢回复，用6核出现相同中断，坐标文件加在附件了

1138711019

NeedleCandy 发表于 2024-12-16 10:52
感谢回复，用6核出现相同中断，坐标文件加在附件了

测试完全没问题，5步就跑完了。

Uus/pMeC6H4-/キ

我也折腾过slurm集群上编译CP2K的事情。“用openmp编译的时候注释掉了bashrc的intel mpi”听起来是修改的登陆节点上用户的.bashrc，并不足以保证编译环境合理，而且提交任务到计算节点的时候那边的.bashrc很可能与用户的.bashrc不一致。“out文件每个部分都会被反复打印”就是任务并行失败的症状。

编译之前应当先用module avail查询集群上已配置好的编译器和MPI模块、用module list检查当前已加载的模块，适当用module load和module unload加载/卸载模块，然后用which指令确认编译器（Intel的icc、icpc、ifort指令或者GCC的gcc、g++、gfortran指令）和MPI（mpirun指令）的路径、用各指令的--version选项确认版本，再安装工具链、编译CP2K。工具链安装完毕后产生的local.psmp在开头会写明依赖的编译器和MPI，参考http://bbs.keinsci.com/thread-49409-1-1.html从4楼开始的讨论。这样编译好CP2K后，提交任务的脚本也必须带着同样的module load和module unload指令，再source那个setup、export那个PATH，最后用srun（而不是自己的mpirun）运行cp2k.psmp。

生煎小馒头

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-16 14:32
我也折腾过slurm集群上编译CP2K的事情。“用openmp编译的时候注释掉了bashrc的intel mpi”听起来是修改的登 ...

我用了社长的编译方法，前面没什么问题，但是到了elpa还是会出错==================== Installing ELPA ====================
wget  --quiet https://www.cp2k.org/static/downloads/elpa-2024.03.001.tar.gz
elpa-2024.03.001.tar.gz: OK
Checksum of elpa-2024.03.001.tar.gz Ok
Installing from scratch into /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/elpa-2024.03.001/cpu
/usr/bin/env: python3: No such file or directory
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a race-free mkdir -p... /usr/bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether make supports nested variables... yes
checking whether make supports nested variables... (cached) yes
checking for build time... 1734334357
checking for GNU make... make
checking whether in C interface the error argument should be optional... no
checking for GNU make... make
checking whether --enable-openmp is specified... yes
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether the compiler supports GNU C++... yes
checking whether /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicxx accepts -g... yes
checking for /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicxx option to enable C++11 features... none needed
checking whether make supports the include directive... yes (GNU style)
checking dependency style of /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicxx... gcc3
checking whether /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicxx supports C++17 features by default... no
checking whether /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicxx supports C++17 features with -std=gnu++17... yes
checking whether to compile using MPI... yes
checking for gcc... /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicc
checking whether the compiler supports GNU C... yes
checking whether /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicc accepts -g... yes
checking for /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicc option to enable C11 features... none needed
checking whether /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicc understands -c and -o together... yes
checking dependency style of /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.5/bin/mpicc... gcc3
checking for function MPI_Init... no
checking for function MPI_Init in -lmpi... no
checking for function MPI_Init in -lmpich... no
configure: error: Could not compile an MPI C program
make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.
make: *** No rule to make target `install'.  Stop.
/data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/elpa-2024.03.001/install_successful: No such file or directory

NeedleCandy

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-16 14:32
我也折腾过slurm集群上编译CP2K的事情。“用openmp编译的时候注释掉了bashrc的intel mpi”听起来是修改的登 ...

感谢回复，实验室新买的服务器，我自己用，装cp2k的时候用主用户装的，用which检查了编译器，也保持了两个bashrc一致，但没用module，我重新装试试

NeedleCandy

直接用最新版intel mpi编译了，彻底解决了问题。
之前因为ifx的问题现在的版本只能用openmp编译，但搜索发现了cp2k支持ifx的修订版https://github.com/cp2k/cp2k/tree/master，直接下载，toolchain的设置为./install_cp2k_toolchain.sh     --with-ifx     --with-intelmpi     --with-intel=system     --with-cmake=system     --with-openblas=no     --with-mkl=system --with-elpa=no    --with-sirius=no  --with-libint=install     --with-fftw=install     --with-libxc=install     --with-plumed=install     -j 64，顺利安装各种库。
编译cp2k时下载dbcsr源码包，解压到cp2k下的exts目录，重命名dbscr。