[CP2K] 关于CP2K中如何实现采用平均力势法计算AIMD轨迹化学反应的自由能变

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ljh123

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发表于 Post on 2024-12-16 16:36:16 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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对于平均力势法计算动力学轨迹的自由能变，应该是用离散的方法计算沿反应坐标的平均力势，并积分得到自由能变。对于CP2K中如何实现这个计算，我的理解是沿着反应坐标，通过colvar设定约束变量。例如反应坐标是键长，那我就分别设置0.1埃、0.2埃。。。。分别跑无偏动力学模拟。然后通过输出的文件找到约束力并求每段轨迹各自的时间平均，最后在积分。请问下大家这样的理解是否合理呢

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