Gromacs执行PLUMED的Meta-Dyanmics计算PMF时提示-unknown command-line

FrancisCho · 发表于 Post on 2024-12-16 16:56:45

各位老师，我想请教一下在安装了适合GMX版本的PLUMED（在编译GMX前安装的），且运行时显示的也是:-) GROMACS - gmx mdrun, 2024.3-plumed_2.9.2 (-:，但是在输入gmx mdrun -plumed plumed.dat时却报错“未知命令-plumed”，请问该如何解决（学生想使用PLUMED的Meta-Dynamics计算PMF）？
目前不太清楚是PLUMED 2.9.2与Gromacs 2024.3不兼容还是其它原因，之前是安装了2019.5与Plumed 2.6联用的，工作站上有两个版本的Gromacs（2024&2019），不知道现在是否需要这样做（期间重装过系统）

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-16 19:43:22

gmx mdrun -h 有没有-plumed项？
编译gmx 前要先用plumed patch那gromacs的source code，patch当时有没有报错？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-22 22:17:55

gromacs已经内置Colvars，直接用2024.x自带的Colvars做MtD就行了

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-22 22:17:58

gromacs已经内置Colvars，直接用2024.x自带的Colvars做MtD就行了

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[GROMACS] Gromacs执行PLUMED的Meta-Dyanmics计算PMF时提示-unknown command-line