求助跑MD时如何限制三个水使其固定不动

zxczxc

我是在加载力场时调用tleap命令，红色表示我想限制水，但是一直报错，是命令代码问题还是不能在这里去改
tleap：
source leaprc.gaff
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.water.tip3p
loadamberparams lig.frcmod
loadoff lig.lib
loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p
lig = loadmol2 lig.mol2
com = loadpdb com.pdb
solvateoct com TIP3PBOX 10.0
fixwaters1 = select com :HOH and resi 612
fixwaters2 = select com :HOH and resi 616
fixwaters3 = select com :HOH and resi 663
set fixwaters1 nonbonded 0
set fixwaters2 nonbonded 0
set fixwaters3 nonbonded 0
charge com   
addions com Na+ 0
charge com
savepdb com comsol.pdb
saveamberparm com comsol.prmtop comsol.inpcrd


报错情况
Error: select: Improper number of arguments!
usage:  select <object>

Serious

1）tleap弄不了。在mdin文件用“restraintmask”；
2）限制三个水的坐标挺怪的，毕竟别的部分会运动。应当用约束。

zxczxc

Serious 发表于 2024-12-24 11:08
1）tleap弄不了。在mdin文件用“restraintmask”；
2）限制三个水的坐标挺怪的，毕竟别的部分会运动。应当 ...

感谢感谢老师，已经用约束了

还有一个问题请教一下，就是怎么修改一下三个结晶水的力场，就是直接在拓扑文件修改，让三个水作为残基，不让它当溶剂

Serious

zxczxc 发表于 2024-12-25 17:01
感谢感谢老师，已经用约束了

还有一个问题请教一下，就是怎么修改一下三个结晶水的力场，就是直接在拓 ...

1）出于什么目的要修改水的力场？不用水分子模型（比如TIP3P、OPC），用啥别的力场。。
2）不明白“让三个水作为残基，不让它当溶剂”；
3）如果是为了后续分析方便，就调前那三个重要的水的坐标，放在蛋白后面，修改一下com.pdb，记一下comsol.pdb里那三个水的残基id好了；

zxczxc

Serious 发表于 2024-12-26 10:17
1）出于什么目的要修改水的力场？不用水分子模型（比如TIP3P、OPC），用啥别的力场。。
2）不明白“让三 ...

老师你好
1）这是我用的力场
source leaprc.gaff
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.water.tip3p
loadamberparams lig.frcmod
loadoff lig.lib
loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p
2）在我对接前，位点处得保留三个结晶水，对接后必须找到正确的构象，每次跑MD后有相互作用的位点以及水都会跑偏，所以那三个水被溶剂化那一步之后会作为溶剂水，跑偏的概率会变大
3）和您说的一样，让那三个水的坐标改到蛋白质链之后，然而后面的是：让它和蛋白一样的情况，作为蛋白的最后三个残基，所以该怎么操作呢

SiqiLee

zxczxc 发表于 2025-1-5 10:53
老师你好
1）这是我用的力场
source leaprc.gaff

你这种情况，限制这三个水分子不让其移动的做法是有问题的，因在在现实情况下，水就是流动的，不可能不移动。
如果你想要去用对接去得到想要的构象，而这三个水分子又必须保留，这是可以的，但是做MD让这些水不移动没有意义，尤其是你已经确定构象，就是想做MD去分析小分子与靶标的相互作用情况时。
如果你想要统计这些水的具体性质，你可以用GIST方法做模拟，AMBER就能做，而后根据轨迹去统计水分子在空间的能量分布以及几何分布。
如果你只是单纯的想要预测出哪些位置水分子可能是存在的，又不想花很长的时间去模拟，那么3D-RISM也可行，AMBER也能做，或者用赵洪桃老师开发的LeWater也可以预测。

zxczxc

SiqiLee 发表于 2025-1-5 11:18
你这种情况，限制这三个水分子不让其移动的做法是有问题的，因在在现实情况下，水就是流动的，不可能不移 ...

我换一种说法
如何给结晶水和溶剂水分别定义力场呢

SiqiLee

zxczxc 发表于 2025-1-6 09:23
我换一种说法
如何给结晶水和溶剂水分别定义力场呢

恐怕不能这样做，水分子的参数都是用你调用的水模型搭配力场去描述的，而不是给水分子单独的力场去表示。