gmx_MMPBSA计算使用GBNSR6模型出错

Sunca

警告和报错信息如下：
[INFO   ] Starting gmx_MMPBSA 1.6.4
[INFO   ] Command-line
  mpirun -np 3 gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 0 1 -ct fit_300_350.xtc -cp com.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv

[INFO   ] Checking mmpbsa.in input file...
...
[INFO   ] Building Normal Complex Amber topology...
/home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.11/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py:1124: GromacsWarning: 1528 1-4 pairs were missing from the [ pairs ] section and were set to zero; make sure you know what you're doing!
  warnings.warn('%i 1-4 pairs were missing from the [ pairs ] '
[INFO   ] Detected Amber/OPLS force field topology format...
[WARNING] 16 invalid DIHEDRAL_PERIODICITY = 0 found in Complex topology... Setting DIHEDRAL_PERIODICITY = 1
...
[INFO   ] Starting calculations in 3 CPUs...

[INFO   ] Running calculations on normal system...
[INFO   ] Beginning GBNSR6 calculations with /home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gbnsr6
[INFO   ]   calculating complex contribution...
[INFO   ]     calculating MM...
             89%|########9 | 1784/2001 [elapsed: 00:05 remaining: 00:00]  File "/home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gmx_MMPBSA", line 8, in <module>
    sys.exit(gmxmmpbsa())
             ^^^^^^^^^^^
  File "/home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.11/site-packages/GMXMMPBSA/app.py", line 101, in gmxmmpbsa
    app.run_mmpbsa()
  File "/home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.11/site-packages/GMXMMPBSA/main.py", line 205, in run_mmpbsa
    self.calc_list.run(rank, self.stdout)
  File "/home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.11/site-packages/GMXMMPBSA/calculation.py", line 142, in run
    calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr)
  File "/home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.11/site-packages/GMXMMPBSA/calculation.py", line 198, in run
    raise CalcError(f'{command_args[0]} failed with prmtop {command_args[1]}!')
CalcError: /home/sunca/anaconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gbnsr6 failed with prmtop -i!
Error occurred on rank 1.
Exiting. All files have been retained.
Abort(1) on node 1 (rank 1 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 1


用GB和PB模型没有问题，用这个就出错，下面给出我的in文件参数，其中GBNSR6 的参数都是用的默认参数未作更改：
Input file generated by gmx_MMPBSA (1.6.4)
Be careful with the variables you modify, some can have severe consequences on the results you obtain.

# General namelist variables
&general
  sys_name             = "gm12tip3p95"                                             # System name
  startframe           = 1                                              # First frame to analyze
  endframe             = 9999999                                        # Last frame to analyze
  interval             = 5                                              # Number of frames between adjacent frames analyzed
  forcefields          = "leaprc.GLYCAM_06j-1"                          # Define the force field to build the Amber topology
  ions_parameters      = 1                                              # Define ions parameters to build the Amber topology
  PBRadii              = 3                                              # Define PBRadii to build amber topology from GROMACS files
  temperature          = 368.15                                         # Temperature
  qh_entropy           = 0                                              # Do quasi-harmonic calculation
  interaction_entropy  = 0                                              # Do Interaction Entropy calculation
  ie_segment           = 50                                             # Trajectory segment to calculate interaction entropy
  c2_entropy           = 0                                              # Do C2 Entropy calculation
  gmx_path             = "/home/sunca/Gromacs/gromacs-2024.2/bin/"      # Force to use this path to get GROMACS executable
/

# GBNSR6 namelist variables
&gbnsr6
  epsin                = 1.0                                            # Sets the dielectric constant of the solute region
  epsout               = 78.5                                           # Sets the implicit solvent dielectric constant for the solvent
  istrng               = 0.0                                            # Sets the ionic strength in M for the GB equation
  dprob                = 1.4                                            # Sets the radius of the solvent probe
  cavity_surften       = 0.005                                          # Surface tension parameter for nonpolar solvation calculation
  space                = 0.5                                            # Sets the grid spacing that determines the resolution of the solute molecular surface
  arcres               = 0.2                                            # Sets the arc resolution used for numerical integration over molecular surface
  b                    = 0.028                                          # Specifies the value of uniform offset to the (inverse) effective radii
  alpb                 = 1                                              # Specifies if ALBP correction is to be used.
  chagb                = 0                                              # Define if CHAGB is used
  rs                   = 0.52                                           # Dielectric boundary shift compared to the molecular surface (only relevant for the -chagb option)
  roh                  = 1                                              # Sets the value of RzOH for CHA GB model
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如果有大佬有遇到过同样的问题或者知道问题所在，希望能够得到回复