使用solvateBox添加溶剂最后结构很奇异

t675210552 · 发表于 Post on 2024-12-25 20:34:03

各位大佬，我在使用tleap构建蛋白复合物模型时，使用solvateBox向体系中添加水分子，添加过程没有报错，但是最后savepdb得到的结构如图所示，感觉有一根水分子组成的柱子插在中间。
我尝试过更改盒子的尺寸，得到一样的结果，请教一下是什么原因造成的？或者应当如何去修正？

Serious · 发表于 Post on 2024-12-26 10:47:42

1）很难帮你分析，先把tleap命令列出来吧。。必要时可能还得要原文件。。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 使用solvateBox添加溶剂最后结构很奇异