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[GROMACS] 求助,gromacs模拟离子液体性质计算和实验数据相差过大

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本帖最后由 zfy524 于 2024-12-25 21:22 编辑

各位老师好,我用gromacs模拟了离子液体的密度和静态介电常数,和实验值相差过大。
我的计算步骤是,
1.先用Gaussian(b3lyp/def2tzvp)计算RESP2原子电荷结合sobtop生成top文件
2.用packmol建立盒子100×100×100,阴阳离子各1500个
3.做能量极小化
4.做平衡相
5.做产生相
6.分析数据

但是计算得到[BMIM][PF6]密度为1060.52,论文上实验值为1396;计算得到静态介电常数为4232.26,论文给出数据11.4

请各位老师指导,我的计算有什么地方不妥。

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发表于 Post on 2024-12-25 22:05:56 | 只看该作者 Only view this author
建议你先尝试重复J. Phys. Chem. B, 119,, 5882 (2015)里面GAFF算离子液体的数据,以便通过对比定位原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-28 10:54:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zfy524 于 2024-12-28 11:12 编辑
sobereva 发表于 2024-12-25 22:05
建议你先尝试重复J. Phys. Chem. B, 119,, 5882 (2015)里面GAFF算离子液体的数据,以便通过对比定位原因

谢谢sob老师,
我用您提供的这篇文献中的方法算了一下,结果相差还是很大。
使用gmx current计算出来的epsilon=3270.355469,而用gmx dipoles计算出来的epsilon=3.34749
这两种方法有什么区别呢,dipoles计算出来的更接近文献中的报道11.5。
另外在这篇帖子中的同学也遇到类似的问题:两种计算静态介电常数的方法结果不一致? - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社
他们提到 gmx current 计算得到的 dielectric constant using EH 项与实验值相近,我得出的值为7.0534,这个值是否能用呢?
谢谢sob老师的解答

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