求助AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件怎么写

awjido

想将设计的蛋白质疫苗序列与TLR受体做分子动力学模拟，由于都是蛋白质，就都放到一个PDB文件里做的，采用的AMBER99SB-ILDN 力场，TIP3P水模型，没有找到这个力场的ions.mdp文件，现在用的这个输入后不能用。想请教下大家有没有AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件
; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save

integrator  = steep         ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol       = 1000.0        ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
emstep      = 0.01          ; Minimization step size
nsteps      = 50000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 1         ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme    = Verlet    ; Buffered neighbor searching (Verlet scheme)
ns_type         = grid      ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
coulombtype     = PME       ; Use PME for long-range electrostatics
rcoulomb        = 1.0       ; Short-range electrostatic cut-off (in nm)
rvdw            = 1.0       ; Short-range Van der Waals cut-off (in nm)
pbc             = xyz       ; Periodic Boundary Conditions in all 3 dimensions

; Electrostatics (for PME)
pme_order       = 4         ; PME interpolation order
fourierspacing  = 0.16      ; Grid spacing for PME

sobereva

哪有什么所谓的ions.mdp，完全语义不明。先搞清楚做模拟都需要什么东西

倘若是要做能量极小化，mdp的名字叫ions干嘛