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[综合讨论] VASP跑完AIMD之后,如何绘制同类原子的轨迹密度图?

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如图,就像能够绘制出某电池材料中Na离子的扩散轨迹,请问怎么绘制?

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发表于 Post on 2024-12-26 23:28:04 | 只看该作者 Only view this author
这是密度分布图(空间分布函数,sdf),和轨迹是两码事
VMD自带的volmap可以产生空间分布函数格点数据,然后可以以等值面方式显示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-12-27 06:08:47 | 只看该作者 Only view this author
我们组做过类似的工作。当时用 VMD 画出来的 SDF 太粗糙,我们自己写代码重算的

关键步骤是,把一个点(你这里的一个 Na 例子在一帧的位置)展宽成 Gaussian 分布。于是可以得到 cube 格式的密度,进而载入到 VESTA 中绘制切片密度。最终图片非常好看
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-27 10:13:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-26 23:28
这是密度分布图(空间分布函数,sdf),和轨迹是两码事
VMD自带的volmap可以产生空间分布函数格点数据,然 ...

感谢sobereva老师,学到了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-27 10:17:13 | 只看该作者 Only view this author
王二葛 发表于 2024-12-27 06:08
我们组做过类似的工作。当时用 VMD 画出来的 SDF 太粗糙,我们自己写代码重算的

关键步骤是,把一个点( ...

感谢大佬,我先去试试

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发表于 Post on 2024-12-27 13:09:17 | 只看该作者 Only view this author
王二葛 发表于 2024-12-27 06:08
我们组做过类似的工作。当时用 VMD 画出来的 SDF 太粗糙,我们自己写代码重算的

关键步骤是,把一个点( ...

volmap插件直接就支持展宽成Gaussian函数





有了sdf格点数据后,可以在VMD里直接显示截面图,也可以放到VESTA、Chemcraft、Multiwfn等里显示成截面图
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发表于 Post on 2024-12-27 14:46:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-27 13:09
volmap插件直接就支持展宽成Gaussian函数

谢谢 sob,开阔眼界,学到啦!
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发表于 Post on 2024-12-27 15:13:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2024-12-27 15:22 编辑
sobereva 发表于 2024-12-27 13:09
volmap插件直接就支持展宽成Gaussian函数

请问 volmap 插件是在 VMD 主界面 Extensions ——> Analysis ——> VolMap Tool 吗?

还是说需要自己安装呢?

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发表于 Post on 2024-12-27 15:28:45 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2024-12-27 15:13
请问 volmap 插件在哪里能找到呢?

主窗口菜单的Extensions - Analysis - VolMap Tool可以启动插件,源代码在VMD目录下plugins/noarch/tcl/volmapgui1.1里,介绍见http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/volmapgui/。实际处理是由VMD内置指令volmap做的,此插件不过是把选项做成GUI而已。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2024-12-27 16:21:25 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-27 15:28
主窗口菜单的Extensions - Analysis - VolMap Tool可以启动插件,源代码在VMD目录下plugins/noarch/tcl/v ...

谢谢!

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