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[蛋白质建模] 求助:GMX生成蛋白拓扑文件在VMD视图中最后一个氨基酸显示的是残基形式,有影响吗?

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本帖最后由 chenbao2333 于 2024-12-28 14:48 编辑

  在用gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top指令生成蛋白质拓扑文件后,用VMD检查生成的拓扑文件的时候,发现最后一个氨基酸是残基形式展示的,且看着像断开了一样,如果用pymol打开则没有这情况,请问这是我VMD显示设置的问题,还是生成拓扑文件的问题呢,这种情况影响后续计算吗?万分感谢!




202412281435307653..png (99.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

pymol中的视图

pymol中的视图

202412281433371329..png (30.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

最后一个氨基酸gro文件对应部分截图

最后一个氨基酸gro文件对应部分截图

202412281432345332..png (35.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

蛋白VMD显示设置

蛋白VMD显示设置

202412281447517711..png (307.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

蛋白与小分子拓扑文件中最后一个氨基酸是残基形式,且看着感觉和前面的氨基酸断开了

蛋白与小分子拓扑文件中最后一个氨基酸是残基形式,且看着感觉和前面的氨基酸断开了

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发表于 Post on 2024-12-28 14:51:40 | 只看该作者 Only view this author
用CPK方式显示,看看是否因为键长偏长导致VMD没有自动判断出成键,进而无法识别二级结构。参考下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

如果CPK方式显示看起来没明显问题,不影响之后的计算



VMD并没法直接载入gromacs的拓扑文件、没法靠VMD检查拓扑文件。注意描述的准确性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-28 14:55:14 | 只看该作者 Only view this author
ACE、NME、带电封端这些氨基酸不是标准氨基酸,有的可视化软件不认为它是protein,不影响实际计算。
PDB Bank他们用的mol*在显示cartoon的时候也不认带电封端。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-28 15:02:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-28 14:51
用CPK方式显示,看看是否因为键长偏长导致VMD没有自动判断出成键,进而无法识别二级结构。参考下文
谈谈VM ...

感谢老师指导,另外能请教下在设盒子的时候,这种有长尾巴的蛋白有推荐的吗?按照3ATL里的cubic设置时候合适?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-28 15:03:47 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2024-12-28 14:55
ACE、NME、带电封端这些氨基酸不是标准氨基酸,有的可视化软件不认为它是protein,不影响实际计算。
PDB B ...

感谢老师指导好人一生平安

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发表于 Post on 2024-12-28 15:06:14 | 只看该作者 Only view this author
chenbao2333 发表于 2024-12-28 15:02
感谢老师指导,另外能请教下在设盒子的时候,这种有长尾巴的蛋白有推荐的吗?按照3ATL里的cubic设置时候 ...

如果确保不会整体旋转,如开了消平动,构象也不会大幅变化,用矩形盒子就行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-28 15:07:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-28 15:06
如果确保不会整体旋转,如开了消平动,构象也不会大幅变化,用矩形盒子就行

收到,感谢老师的及时回复及耐心解答

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