新手求助：蛋白是同源多聚体时该如何设置对接盒子？

jch725 · 发表于 Post on 2024-12-29 17:32:28

最近在做实验的时候发现研究的酶的native-page显示应该是四聚体结构，之前使用swiss-model和alphafold建模都是单聚体，对接也都是按照单聚体进行的，现在四聚体之后不知道应该如何设置对接盒子，如果把整个酶框选进去的话得到的活性中心和这个酶所在的家族中其他酶的结果差距很大，请问这应该如何处理？

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-29 17:49:34

有没有试AlphaFold multimer? AF2已经有哦。

jch725 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:14:07

student0618 发表于 2024-12-29 17:49
有没有试AlphaFold multimer? AF2已经有哦。

我用alphafold3构建了多聚体的结构，现在是不知道对接该这和设置

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-12-30 09:16:16

应该是首先根据文献确定你的口袋是四聚体结合界面/空腔还是单聚体内部自身空腔呢？毕竟结合口袋不是随意选择的啊

jch725 · 发表于 Post on 2024-12-30 13:51:52

SiqiLee 发表于 2024-12-30 09:16
应该是首先根据文献确定你的口袋是四聚体结合界面/空腔还是单聚体内部自身空腔呢？毕竟结合口袋不是随意选 ...

这个家族里其他的基本都是单聚体和二聚体，四聚体的没有文献，在单聚体和二聚体内的是在内部自身空腔，这种要怎么确定呢？

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-12-30 15:44:04

jch725 发表于 2024-12-30 13:51
这个家族里其他的基本都是单聚体和二聚体，四聚体的没有文献，在单聚体和二聚体内的是在内部自身空腔，这 ...

这样看很可能是单聚体的某个内部空腔是结合口袋，你可以看看同源家族的其他蛋白的晶体结构是否有小分子，然后参照一下

jch725 · 发表于 Post on 2025-1-2 10:00:06

SiqiLee 发表于 2024-12-30 15:44
这样看很可能是单聚体的某个内部空腔是结合口袋，你可以看看同源家族的其他蛋白的晶体结构是否有小分子， ...

好的，谢谢

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