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[GROMACS] 求助为什么RDF没有收敛为1,而且波动很大

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请问一下为什么没有RDF收敛为1呢,而且波动很大,是因为团簇结构吗,还是因为命令输入错误,因为30ns后系统就稳定了,所以我选择了最后5ns。 gmx rdf -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o rdf_output.xvg -n index.ndx -ref A所有分子 -sel C所有分子 -bin 0.01-b 45000 -e 50000 -surf mol

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发表于 Post on 2024-12-31 21:24:23 | 只看该作者 Only view this author
认真看此文,补充必要信息,连算的是什么东西都不具体交代的提问毫无意义
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-4 15:53:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyan66 于 2025-1-7 10:00 编辑

社长,您好。我计算的是聚合物对苯系物的吸附。是溶液体系。其中一个体系如同,黄色是聚合物,紫色是苯系物,两种分子分布有20个,我想计算聚合物对苯系物的径向分布函数,不知道为什么未收敛于1,还希望社长能解惑,谢谢。

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