[GROMACS] 老师您好，在NEMD模拟中冻结的石墨烯挡板移动并跨周期了，请问老师是什么原因

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发表于 Post on 2025-1-2 22:41:24 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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  老师您好，我在做水分子透过膜的NEMD的100ns模拟中，通过将膜和上下两个石墨烯挡板冻结和水分子赋予加速度透过膜。出现奇怪现象，已冻结的下层石墨烯在30多ns就跨周期了到了盒子上方，并从模拟开始就往下移动，直至跨周期到盒子上方，请问老师这是什么原因，谢谢老师。附上模拟系统的top gro mdp文件。其中冻结的组GRA表示的是石墨烯，MOL和PAA是膜的部分，加速组SOL是水分子。
mdp文件中加速和冻结部分如下
freezegrps  = PAA GRA MOL
freezedim = Y Y Y Y Y Y Y Y Y
; Non-equilibrium MD stuff
acc_grps = SOL
accelerate  = 0 0 0.189826029

NVT系综NEMD模拟后.jpg (33.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)