计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 837|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] CP2K计算周期性体系周期性体系建模存在问题

[复制链接 Copy URL]

21

帖子

0

威望

97

eV
积分
118

Level 2 能力者

卢老师您好,我还是不太明白这个周期性晶胞的建模以及收敛问题,您指导过,氧上不挂氢会很难收敛,我在做类似于716博文的CDA分析,主要想要判断硅团簇和二氧化硅团簇的亲疏水问题,判断水的存在向团簇转移多少电子,但是建模过程中遇到很大问题,SiO2_1是周期性体系,SiO2_2也是周期性体系,但是,经过了扩大盒子加真空层以及重新博文的CDA判断成键。整个体系是为了研究类似于716博文CO向NaCl体系转移电子,我的研究内容是SiO2表面亲水性分析,H2O_1和H2O_2是水分子放置位置不同,一个位于氧原子上,一个位于硅原子上,但是我想实现的是类似于716博文的那种放置方法,H2O也在盒子内,卢老师您说在氧上加氢,我真的不太明白了,同时,我在构建团簇时,硅团簇,周期性可以计算:Si.inp,而扩胞,增大盒子后的Si1.inp就不收敛了,卢老师有什么解决问题的办法吗。

Si.zip

5.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

Si体系

SiO2.zip

22.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

SiO2体系

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-1-6 05:14:53 | 只看该作者 Only view this author
完全不知所云,逻辑混乱

倘若要研究SiO2表面吸附水分子,SiO2H2O_1.inp载入Multiwfn进主功能0一看,连真空区都没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

97

eV
积分
118

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-6 09:45:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-6 05:14
完全不知所云,逻辑混乱

倘若要研究SiO2表面吸附水分子,SiO2H2O_1.inp载入Multiwfn进主功能0一看,连真 ...

卢老师,您应该明白我的意思,我这个就是周期性体系构建好,在不扩大盒子的情况下收敛,一旦扩大盒子,重新判断成键后,体系就不收敛了,您说的真空区构建,我不太会,在氧上加氢,我不知道怎么操作,还望卢老师指点

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-1-7 01:10:30 | 只看该作者 Only view this author
zhifanfan 发表于 2025-1-6 09:45
卢老师,您应该明白我的意思,我这个就是周期性体系构建好,在不扩大盒子的情况下收敛,一旦扩大盒子,重 ...

要搞清楚,表面原子的成键和体相内部的有天壤之别,表面的原子成键非饱和、电子结构更复杂,SCF难收敛是普遍现象。

自己手动在gview里把O替换成OH
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

97

eV
积分
118

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-7 09:12:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-7 01:10
要搞清楚,表面原子的成键和体相内部的有天壤之别,表面的原子成键非饱和、电子结构更复杂,SCF难收敛是 ...

好的,谢谢卢老师,但是学生还有一点不懂,就是,对于SiO2体系可以替换O为OH,那对于单晶硅这种体系,表面原子也是非饱和的,应该怎么操作呢,或者说,对于这种周期性的体系表面原子存在不饱和现象,想让他饱和,有什么规则或者操作手段吗

62

帖子

0

威望

1062

eV
积分
1124

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2025-1-7 09:51:57 | 只看该作者 Only view this author
zhifanfan 发表于 2025-1-7 09:12
好的,谢谢卢老师,但是学生还有一点不懂,就是,对于SiO2体系可以替换O为OH,那对于单晶硅这种体系,表 ...

第一,你的结构不收敛是因为你的结构极其的不合理,如下图,你的Si上直接添加了一个水,显然跟Si原子上其他两个位置的O冲突了。在体相内部,你凭空增加了一个OH,这种构型不合理。
其次,卢天老师的意思是,你把表面上的一个O上单独加上一个H,而且得是在加上真空层的基础上,如果没有真空层,你直接在界面上增加一个原子,周期化后这个原子必然后进入晶胞内部造成原子重叠或者距离过近的现象,严重的话,程序直接就报错了


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2025-1-8 03:31:15 | 只看该作者 Only view this author
zhifanfan 发表于 2025-1-7 09:12
好的,谢谢卢老师,但是学生还有一点不懂,就是,对于SiO2体系可以替换O为OH,那对于单晶硅这种体系,表 ...

如果你要研究Si的表面状态,肯定得用Si的slab模型,你实际上研究的只是其中一个表面,那个表面上的原子就让它暴露着,而另一侧的表面的Si应该加氢饱和避免悬键。

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)里有专门的例子:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

97

eV
积分
118

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-8 09:13:49 | 只看该作者 Only view this author
吞木木 发表于 2025-1-7 09:51
第一,你的结构不收敛是因为你的结构极其的不合理,如下图,你的Si上直接添加了一个水,显然跟Si原子上其 ...

我也构建了有真空层的结构啊,但是还是不收敛,真的不知道咋解决这个问题了

21

帖子

0

威望

97

eV
积分
118

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-9 09:46:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-8 03:31
如果你要研究Si的表面状态,肯定得用Si的slab模型,你实际上研究的只是其中一个表面,那个表面上的原子就 ...

老师,那同理SiO2是不是就是要研究的那面暴露,不研究的那个面在O上加H使其饱和呀

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2025-1-10 00:15:41 | 只看该作者 Only view this author
zhifanfan 发表于 2025-1-9 09:46
老师,那同理SiO2是不是就是要研究的那面暴露,不研究的那个面在O上加H使其饱和呀

是。并且也要注意你研究的体系的真实情况是什么,是否是绝对洁净的表面。此表面暴露在湿气中,也自发会出现羟基。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

97

eV
积分
118

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 14:29:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-10 00:15
是。并且也要注意你研究的体系的真实情况是什么,是否是绝对洁净的表面。此表面暴露在湿气中,也自发会出 ...

对了,卢老师,单晶硅材料会出现表面羟基化的现象吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2025-1-14 00:32:52 | 只看该作者 Only view this author
zhifanfan 发表于 2025-1-13 14:29
对了,卢老师,单晶硅材料会出现表面羟基化的现象吗

查相关文献
表面会出现重构是肯定的,这需要注意,下文第4节的例子说了
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 01:01 , Processed in 0.347418 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list