NCI分析问题

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-2-21 19:30:53

本帖最后由浅原问问于 2017-2-22 08:38 编辑

各位老师好，最近做NCI分析的时候遇到一个问题。我做的是两分子的小团簇的NCI分析，首先用Multiwfn做出散点图，为了得到完整的峰，我把settings.ini中的RDG_maxrho设置为3.0，后再用VMD得到RDG图，发现图如下所示：请问这种问题应该怎么解决？谢谢老师！

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-2-21 21:11:03

不要随意改RDG_maxrho，默认的即可画RDG了

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-21 21:52:44

RDG_maxrho设这么大，就会导致电子密度较大的地方也不会被屏蔽掉，显然化学键区域也会出现对应的等值面。用默认的设置，即把rho>0.05以外的区域截掉就没这个问题。

另外请阅读此文第四条http://sobereva.com/298

传图时建议用jpg或png格式，bmp格式会很占论坛空间

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-2-22 08:31:22

sobereva 发表于 2017-2-21 21:52
RDG_maxrho设这么大，就会导致电子密度较大的地方也不会被屏蔽掉，显然化学键区域也会出现对应的等值面。用 ...

可是用默认值的话，散点图里面在-0.3附近的峰值就显示不出来了。。。。那我可不可以用RDG_maxrho=0.3做出来散点图，然后再重新用RDG_maxrho=0.1做RDG图？不好意思老师，下次我一定注意Multiwfn的叫法。真不好意思。。。

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-2-22 08:40:50

冰释之川发表于 2017-2-21 21:11
不要随意改RDG_maxrho，默认的即可画RDG了

是这样，您看散点图里面峰值在-0.3附近，如果用默认的RDG_maxrho的话，在散点图中就看不到峰，所以才改动的，但是改动之后RDG图又变成了那个样子。。。

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-22 08:45:08

浅原问问发表于 2017-2-22 08:40
是这样，您看散点图里面峰值在-0.3附近，如果用默认的RDG_maxrho的话，在散点图中就看不到峰，所以才改动 ...

-0.3那些峰都已经对应成键了而不是弱相互作用，你留着这些峰，必然等值面图上会有你研究弱相互作用时不想要的东西

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-2-22 09:04:48

本帖最后由冰释之川于 2017-2-22 09:09 编辑

sobereva 发表于 2017-2-22 08:45
-0.3那些峰都已经对应成键了而不是弱相互作用，你留着这些峰，必然等值面图上会有你研究弱相互作用时不 ...

弱相互作用的范围是sign(λ_2)ρ在 [-0.03,0.02]区间内的（参见红框里的的峰，也称之spike），远远超出这个区间都不属于弱相互作用了！所以你在spike图里显示也没意义。

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