本帖最后由 exatude 于 2025-1-6 23:00 编辑
课题组小集群准备购置新计算节点，用途主要为lmp、VASP 5.4.4以及少部分的机器学习（SISSO）和cp2k。由于位置原因只能放下两台塔式工作站，如果是机架式服务器大致可以放4台（600深*500宽*600高），预算12w。
目前计划的配置为：
VASP：
CPU：2*AMD EPYC 9654
主板：技嘉MZ73-LM0
内存：24*16GB=384GB 三星DDR5-4800 ECC REG
报价：69100
和
lmp：
CPU：AMD Ryzen 9 9950X
主板：AMD X870
显卡：2*微星4090
内存：2*海盗船32GB DDR5-5200
报价：48400
总体参考的是社长的帖子（http://sobereva.com/444）中的“顶级双路服务器推荐配置”和“极高性能分子动力学服务器推荐配置”。在此基础上，考虑课题组VASP计算体系普遍较小（原子数<100）而且通常是纯泛函，所以把第一套内存降成24*16GB；考虑课题组提交lmp任务数量比较多，所以在配置2基础上再加一个4090。想问一下这个配置合理吗？另外好像有看到过帖子说双路9654可能出现并行效率低的问题（找不到原帖了），这个问题存在吗？有没有什么解决办法？
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补充
对于双路9654，预设的使用场景是：大部分时候以4*48核（甚至8*24核）的形式当成多个节点使用，少部分时候着急算大体系才考虑192核并行。核心思想是在预算内以固定的空间占用获得最高的性能。
暂时只找到塔式的分子动力学gpu配置，剩余空间不足以放下其他机架式服务器了，因此选择双路9654的塔式服务器。因此如果有合适的用于分子动力学的gpu机架式服务器也考虑整体换方案。
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发表于 Post on 2025-1-6 20:01:04
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