如何在amber里用OPM服务器给蛋白添加膜？？

Oxygen114514 · 发表于 Post on 2025-1-7 11:15:39

本帖最后由 Oxygen114514 于 2025-1-7 11:16 编辑

我在amber官网的教程看到可以用OPM给膜蛋白添加膜，然后需要用--preiented flag去指定，但这个flag我在amber手册里搜索并没有搜到，也没有找到相关的教程指导。请问有大神知道这里要怎么操作吗？我创建好体系以后要转GMX。

官网教程网址如下：https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial38/index.php，关于OPM的部分在Packing a protein into a membrane标题下的第一段。

Serious · 发表于 Post on 2025-1-7 19:12:25

1）如果你用了PPM这个工具，后面用packmol-memgen时加上"--preoriented"；

Oxygen114514 · 发表于 Post on 2025-1-8 00:32:05

Serious 发表于 2025-1-7 19:12
1）如果你用了PPM这个工具，后面用packmol-memgen时加上"--preoriented"；

老师，所以指令是packmol-memgen -f PPM输出的带膜的pdb --preoriented就可以了吗？并不需要--lipids去指定膜的成分了吧

Serious · 发表于 Post on 2025-1-8 11:34:31

Oxygen114514 发表于 2025-1-8 00:32
老师，所以指令是packmol-memgen -f PPM输出的带膜的pdb --preoriented就可以了吗？并不需要--lipids去指 ...

1）OPM服务器一方面解决蛋白朝向问题。你可以用PPM输出的pdb文件的蛋白坐标，然后用packmol-memgen加膜；
2）至于两者（PPM；packmol-memgen）加膜的质量，我不清楚；

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