Not enough space in DoCrtU ?报错求助

Aristotler · 发表于 Post on 2017-2-22 16:09:59

如题， Not enough space in DoCrtU. 报错求助（工作目的：我用GaussView 希望通过log文件形成chk文件，使用pbe1pbe 6-31g的方法，体系由552个原子）

ZZMFW.LOG (74.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

另外，请问想算20多个分子，552个原子的cluster计算静电势，采用pbe1pbe 3-21g 是否可行？
感谢各位

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-23 00:58:37

从你当前的输出文件来看，此计算没有任何意义
HF的密度明显不合理，会高估极性。不加极化函数也会导致静电势误差很大。而且guess里用only，相当于直接用初猜密度，也是非常不合理。这么大体系，用windows 32bit版也没戏。

非要量化算，用半经验。

对于获得整个团簇表面静电势的目的，明显更好的做法是先对单体计算CHELPG或ADCH等对静电势重现性比较好的原子电荷，然后把整个体系写成Multiwfn支持的.chg格式（搜手册），其中最后一列是原子电荷信息。让Multiwfn载入这个chg文件，基于原子电荷产生静电势信息。

但在此之前，应该先考虑算整个团簇表面的静电势到底有什么意义。我认为毫无意义。

lonelycvavc · 发表于 Post on 2017-2-23 10:45:11

sobereva 发表于 2017-2-23 00:58
从你当前的输出文件来看，此计算没有任何意义
HF的密度明显不合理，会高估极性。不加极化函数也会导致静电 ...

楼主是我师兄，这个工作是我们一起做的，这个log文件会用HF和guess=only实属无奈，我尽量解释一下原因。
1. 我们原本的想法是通过计算团簇的表面静电势，找到中间完全被其它分子包裹住的分子附近的静电势极值点，用来近似模拟分子晶体内部的静电势情况，进一步看看能否通过极值点位置找出分子晶体内嵌入金属原子的可能位点。Sob老师觉得这合不合理？同时还考虑通过调低等值面上电子密度的值把vdW表面扩大一些，减少团簇内部的极值点数，相当于稍微考虑了一下空间位阻效应。只是个人猜想，不知道sob老师觉得这方法有没有点儿道理。
2. 由于团簇太大，进行单点能计算后formchk时内存溢出，调整高斯默认内存无果，才考虑用Gaussian View的重新生成chk文件功能生成了3-21G的log和chk文件，但是由于没仔细研究过这个功能，所以不知道默认是HF方法，谢谢sob老师。
3. 我们也尝试过用您Multiwfn中的功能计算中心分子Hirshfeld表面的静电势，但是由于hirshfeld表面是固定的，不像整个团簇表面静电势一样可以调整等值面位置才出此下策。
4. 下一步我们会按sob老师的意见尝试用半经验方法生成fch文件再进行静电势计算，再次谢谢sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-23 13:00:14

lonelycvavc 发表于 2017-2-23 10:45
楼主是我师兄，这个工作是我们一起做的，这个log文件会用HF和guess=only实属无奈，我尽量解释一下原因。
...

1 如果你是打算通过考察一大块团簇表面静电势来估计实际晶体中那里容易插金属原子，我认为不靠谱。如果是从晶体中哪里静电势越负就越容易在哪里插金属的角度来考虑，团簇不需要取这么大，而且不是考察分子表面静电势，而是考察整个团簇包括内部的静电势（或者说，计算格点数据），然后排序一下，看哪个点静电势最负。或者更直观的是绘制静电势的等值面图，将等值面数值不断变化，看哪里静电势最负。

2 当转换过大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置比如export GAUSS_MEMDEF=4000000000，即允许formchk调用4GB内存。默认值太小。

lonelycvavc · 发表于 Post on 2017-2-23 16:51:26

sobereva 发表于 2017-2-23 13:00
1 如果你是打算通过考察一大块团簇表面静电势来估计实际晶体中那里容易插金属原子，我认为不靠谱。如果是 ...

谢谢sob老师。
1. 虽然计算的是整个团簇表面的静电势，但是实际我们想要的数据还是团簇内部的极值点，只是不知道有什么办法可以只计算内部静电势。
2. 团簇选得比较大是因为晶体单胞包含两个取向不同的分子，所以想让这两个分子都被团簇完全保围模拟整个晶胞。
3. 您说的计算格点数据我不是很明白，能指点一下具体应该怎么做吗？就是用Multiwfn计算整个团簇的静电势，通过不断改变等值面数值计算多次，然后对比每次计算出的极小值点吗？

lonelycvavc · 发表于 Post on 2017-2-23 17:41:31

sob老师，按您的建议我用Gaussian的PM6方法生成了团簇的fch文件（输出文件中生成焓的下一行显示-V/T=1.000，是否不正常？），再进行中间两个分子的hirshfeld表面静电势计算时，Multiwfn输出的结果和DFT方法很不一样，具体见图。请问这个结果可靠吗？是不是我哪一步还是做错了呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-24 01:42:19

lonelycvavc 发表于 2017-2-23 17:41
sob老师，按您的建议我用Gaussian的PM6方法生成了团簇的fch文件（输出文件中生成焓的下一行显示-V/T=1.000 ...

Multiwfn不支持半经验方法的fch文件，虽然能算，但结果不对

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-24 01:45:40

lonelycvavc 发表于 2017-2-23 16:51
谢谢sob老师。
1. 虽然计算的是整个团簇表面的静电势，但是实际我们想要的数据还是团簇内部的极值点，只 ...

你就计算整个体系的静电势的cube文件就完了（如果量化级别算用cubegen，但会非常耗时；如果基于原子电荷算如前所述可以用Multiwfn），然后用VMD显示等值面图。团簇还是建议取小点，否则不仅耗时很高、格点数据占内存很大，而且不便于观看
Multiwfn里用主功能5可以计算实空间函数（包括静电势）的格点数据，之后可以导出成cube文件或直接在程序里面显示等值面。虽然DFT的fch或wfn文件在Multiwfn里也能计算静电势格点数据，但是对这种大小体系耗时会难以接受。

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