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[CP2K] NPT分子动力学RDF问题

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各位老师好:
     想请教一个NPT下RDF计算的问题。我用packmol生成了一个包含Sn Br和有机分子的结构,先跑了NVT,后跑了100ps的NPT,NPT的输入文件附上。在用VMD统计Sn-Br键长的时候,在很短的距离位置1.4埃左右出现了一个峰,查周期表Sn原子半径1.58,Br原子半径1.14。因此RDF中的1.4埃小于了Sn的原子半径,这个结果是哪里出问题了吗。由于NPT过程盒子在变化,VMD计算RDF的时候采用的盒子是依据初始结构的盒子尺寸。统计最后20ps以及5ps的RDF,RDF在1.4埃处依旧有峰,想请教一下这是什么问题啊。

202501091733505511..png (28.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

RDF

RDF

202501091727072020..png (85.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

packmol生成结构

packmol生成结构

R.inp

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NPT输入文件

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发表于 Post on 2025-1-10 00:08:12 | 只看该作者 Only view this author
既然是NPT,不可能算rdf的时候给每帧用相同的盒子尺寸。当前接近0都有小峰,只可能是盒子问题
应当用dcd轨迹,记录的每帧盒子该是多大就多大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 09:51:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-10 00:08
既然是NPT,不可能算rdf的时候给每帧用相同的盒子尺寸。当前接近0都有小峰,只可能是盒子问题
应当用dcd轨 ...

谢谢老师,这个问题昨晚解决了。是用VMD处理的时候wrap出了问题,后来把fragment的关键词加进去就好了。
此外,还有一个小问题,我跑NPT的时候是用的dcd记录轨迹,VMD处理计算RDF的时候,需要先pbc盒子大小,这里应该怎么操作啊,因为NPT过程盒子在变,而算RDF又需要先设定盒子尺寸。

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发表于 Post on 2025-1-11 00:25:51 | 只看该作者 Only view this author
Xiaoyuanhui 发表于 2025-1-10 09:51
谢谢老师,这个问题昨晚解决了。是用VMD处理的时候wrap出了问题,后来把fragment的关键词加进去就好了。
...

载入dcd轨迹时直接就读入盒子信息了,不需要再做什么

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)的幻灯片专门说了这事:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-12 15:15:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-11 00:25
载入dcd轨迹时直接就读入盒子信息了,不需要再做什么

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www. ...

喔,好的,谢谢老师!

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