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[GROMACS] 新手求助关于跑完MD后如何截取某一帧里的两个分子

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各位老师好,我使用VMD时已将gro仅有的一帧删除了,然后载入xtc,通过save coordinates保存了最后一帧的xyz类型文件,但是这一帧里我所需要的特定分子该怎么截取出来呀,下面是截取出最后一帧的xyz文件,这里面完全看不出哪个是我所需要的分子,因为我是准备截取出两个分子做二聚体的量子化学计算的,望各位老师能予以指导,万分感谢

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最后一帧.PNG

xyz.PNG (56.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

xyz.PNG

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发表于 Post on 2025-1-10 16:16:36 | 只看该作者 Only view this author
你回到一开始的gro文件。记住那两个分子的index,然后在这里选取对应的行就好了。

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发表于 Post on 2025-1-10 23:52:58 | 只看该作者 Only view this author
保存新文件的时候selected atoms里填上恰当的选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 17:09:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-10 23:52
保存新文件的时候selected atoms里填上恰当的选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.c ...

感谢sob老师的指导

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