求助利用伞形采样计算PMF，求计算密度概率的方法

海棠依旧cdut

各位大佬好，目前小弟通过伞形采样的方法和lammps计算离子渗透膜的PMF变化情况。本人的学习途径是https://lammpstutorials.github.i ... gy-calculation.html这个网址。其中密度概率分布是证明伞形采样合理的关键，请问各位大佬有没有关于lammps用户去计算这种密度概率的方法呢？或者是什么工具或者软件呢？

龙之吐息

在我的印象中分布直方图能够保证30%还是50%的重叠就能保证采样充分，gromacs在使用wham指令分析PMF时会在屏幕中提示哪些位置没有采样，哪些位置的采样为poor，供参考。我自己的做法是在这些路径点处增加对应的轨迹抽帧和位置限制模拟，但似乎不能总会得到完全充分的采样。