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[GROMACS] 如何寻找蛋白质的共晶配体

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初学gromacs,在做蛋白质-小分子对接过程中,发现参考文献中往往会说“将蛋白质与共晶配体作为阳性对照”,请教一下大家共晶配体的结构是从哪里获取的?

图是文献中的,他做了ESR1蛋白和壬基酚、辛基酚两种小分子的分子动力学模拟,将“共晶配体(eutectic ligands)”作为对照(original),现在不知道这个共晶配体的结构是在哪里下载的。

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发表于 Post on 2025-1-12 11:58:17 | 只看该作者 Only view this author
RCSB蛋白质数据库里很多蛋白质pdb文件里都带着小分子配体
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里还有页ppt专门介绍了蛋白质-配体复合物的数据库
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-1-24 00:51:26 | 只看该作者 Only view this author
这个文章我也在看在模仿,文章中虽然没有直接给出共晶配体的名称,但是给出了图形,结合ESR1的PDB号,就能查出来

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