求助MD轨迹合并之后分析蛋白-配体作用的问题

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各位老师好，我用Desmond做了一些蛋白和药物配体的分子动力学模拟。想要分析蛋白-配体作用寻找药物和靶点的作用机制。
对于蛋白A+配体A这个复合物；目前我手上有大概10组200ns的轨迹和15组300ns的轨迹。从RMSD看都已经平衡了。其中200ns模拟大概在120ns左右蛋白骨架RMSD平衡；300ns模拟大概在150~200ns左右蛋白骨架RMSD平衡。这25组轨迹的起始结构都一样，只是随机速度种子不同，共计有大概三万帧结构。

我的问题是：
1. 按道理说，应该取已经平衡的那部分轨迹进行相互作用分析；但对于这么多组轨迹，这么做极其麻烦。每组到达平衡的时间能差个几十纳秒，所以要一组一组地选择到底分析哪段时间。数据很多而且每组都要分别作图。
2. 由于MD模拟的随机性，在某些组中某个氢键作用比较强，而在另一些组中不那么强，导致组间有一定差异。在文章的讨论中也要去解释这个情况，因为审稿人会质疑数据可重复性的问题。
3. 我还做了蛋白A加配体B的复合物，也大概有30多组轨迹。希望讨论不同IC50的药物配体对于其靶点（蛋白A）的作用差异。如果这么一组一组地对比，操作性太差了。
4. 既然花了计算资源跑出来了这么多组轨迹，我希望把所有的轨迹和数据都报道上去，而不是只选择几组我比较满意的拿去报道和讨论。


我目前的想法是，是否可以把所有单个蛋白配体复合物的轨迹全部合并，合并后相当于一个6.5微秒的长轨迹。对这个长轨迹的所有结构（包括平衡和没平衡的）进行相互作用分析。这样对于这个蛋白和这个配体，就只有一个所有轨迹平均后的蛋白配体作用，而避免了重复做图和讨论组间差异的问题。又由于这个轨迹超长，含三万多个结构，虽然把没平衡的那段轨迹也纳入分析，但最后的结果是否也可以拿来讨论？这是不是也算是这么多帧的结构的统计结果？这样在对比不同配体和下结论时，就方便地多。比如，从长轨迹的作用模式来说，配体A存在某个氢键作用，存在时间占总时间的70%；而配体B的这个氢键作用只占30%或不存在这个作用，因此配体A与蛋白作用地更好。

请各位老师不吝指教，谢谢！