关于Au原子LJ系数，不同文献存在很大差异

han · 发表于 Post on 2014-12-24 17:06:34

本帖最后由 han 于 2014-12-24 20:53 编辑

最近看文献发现关于Au的LJ系数不同的文献给的值差好多，有的文献（如J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281–17290）sigma eps 值分别为 0.2629 nm 22.134289 KJ/mol，而有的文献这两项分别为0.2935 nm 0.163176 KJ/mol，差别好多。不清楚为何差别这么大，拟合的规则不同？前一个我测试过，不用固定Au原子，对一个Au超胞跑NPT，得出的晶胞参数与实验相符。

如果模拟有机分子吸附到Au表面上，有机分子中的原子与Au之间存在非键相互作用，请问选用哪一个Au的LJ系数去描述更加合适？

sobereva · 发表于 Post on 2014-12-25 11:20:37

JPCC那篇的参数比较靠谱，他们也模拟了和水的作用结果也不错。拿它来模拟你说的那类相互作用不会有什么问题。
至于另一篇文献eps=0.163176 KJ/mol，怀疑是对公式理解得或者对参数的适用情况理解得不太对。

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-1-3 11:46:21

第一个参数是CHARMM22里面收录的，配合charmm力场使用肯定没问题

han · 发表于 Post on 2015-1-4 17:50:21

fhh2626 发表于 2015-1-3 11:46
第一个参数是CHARMM22里面收录的，配合charmm力场使用肯定没问题

第一个参数出处的原始文献没有限定哪个力场，12-6势的参数对于AMBER, CVFF,
和 OPLS-AA适用，不过用的是几何平均计算不同原子类型间的耦合值，9-6势的参数对于COMPASS 和 PCFF适用，可能charmm22收录了这篇文献的结果吧。

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[综合交流] 关于Au原子LJ系数，不同文献存在很大差异