展示一下使用ChemCrackX对分子进行近极点快速采样的效果

Hugo_314cat · 发表于 Post on 2025-2-13 21:02:10

ChemCrackX是个人在2024年2月份开始开发的一个综合性计算化学辅助工具包，旨在用尽量少的人力去做尽量多的活儿。目前CCX还在不断地开发和调试当中。

为什么要做这个事儿呢？因为我实在不知道我的统计课的期末论文应该写什么，于是思来想去还是整个烂活滥竽充数一下，保过。后来觉得可以把这个功能放进CCX里，遂在这里展示一下，让大家见见笑。
原理很简单，给每个DoF分配一定的能量。对于刚性分子来说这个方法挺管用的，但是柔性分子不行，因为Correlation太严重了。
我并不想加水印，既费事儿又影响美观。但我更不希望我的图出现在别人的广告里。

下面给一些实例：

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.14s

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.16s

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.25s

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.53s

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.61s

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.70s

这个方法当然也可以用在过渡态上，但我手头上的过渡态文件都是需要保密的，遂不予展示。

zhouoh · 发表于 Post on 2025-2-14 07:32:32

感觉更好的方法是参考quasiclassical MD使用的nomral mode sampling。产生的enesemble质量会更好，也不受体系柔性的限制。

Hugo_314cat · 发表于 Post on 2025-2-14 13:06:07

zhouoh 发表于 2025-2-14 07:32
感觉更好的方法是参考quasiclassical MD使用的nomral mode sampling。产生的enesemble质量会更好，也不受体 ...

善哉！我去了解一下

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[建模与可视化] 展示一下使用ChemCrackX对分子进行近极点快速采样的效果

评分 Rate