Autodock vina求助，受体蛋白中有金属钼原子且属于辅因子，但vina不识别

火热的羊 · 发表于 Post on 2025-2-16 21:19:57

求助大家，我最近用Autodock vina做分子对接，受体蛋白中有金属钼原子且属于辅因子，位于活性位点，是不是不能删除呀，但vina不识别钼原子，无法成功对接，该怎么办呢

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-2-16 21:55:56

你需要自定义Mo的性质，然后就能对接了。这个可能得找找文献看看之前有没有人做过类似的，看看他们怎么处理。

火热的羊 · 发表于 Post on 2025-2-17 14:37:12

tonganlhy 发表于 2025-2-16 21:55
你需要自定义Mo的性质，然后就能对接了。这个可能得找找文献看看之前有没有人做过类似的，看看他们怎么处理 ...

这样啊，谢谢你，我看网上好多都说有金属不能用vina

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-2-17 17:33:38

看了以下论坛里的讨论，可能你还是用autodock 4.0好了，那个好像比较好导入其它金属

火热的羊 · 发表于 Post on 2025-2-17 19:37:28

tonganlhy 发表于 2025-2-17 17:33
看了以下论坛里的讨论，可能你还是用autodock 4.0好了，那个好像比较好导入其它金属

好的，那就不能批量对接，还是得一个个来了。谢谢

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[分子对接] Autodock vina求助，受体蛋白中有金属钼原子且属于辅因子，但vina不识别