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[其它程序] 使用OpenMM对环肽进行REMD模拟,请问需要如何修改amber力场信息

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如题,想对环肽进行REMD模拟,看了下plumed的教程感觉有点复杂,于是想使用OpenMM进行模拟,请问需要如何修改amber力场信息使其可以对环肽模拟

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发表于 Post on 2025-2-17 23:16:29 | 只看该作者 Only view this author
为什么不直接用amber呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-18 09:37:48 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-2-17 23:16
为什么不直接用amber呢

组里服务器没amber软件(

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发表于 Post on 2025-2-18 13:52:54 | 只看该作者 Only view this author
看清楚板块再发贴,经典力场的动力学程序的问题不得发到量子化学版块。下次发错了直接删帖+扣分处理

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “使用OpenMM对环肽进行模拟” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-2-18 13:54:11 | 只看该作者 Only view this author
HAYASHI 发表于 2025-2-18 09:37
组里服务器没amber软件(

“没有xxx软件”,对于AMBER、GROMACS等本来就是免费公开下载的软件来说,完全不构成不使用的理由
免费、高效、且用户最多的GROMACS的目前版本的pdb2gmx直接就能产生环肽的拓扑文件,并且能做REMD模拟
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-18 14:31:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-18 13:54
“没有xxx软件”,对于AMBER、GROMACS等本来就是免费公开下载的软件来说,完全不构成不使用的理由
免费 ...

哦哦不好意思老师

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