如何用pull代码实现给水分子层恒定速度，以研究剪切过程

kijsan

已建立油-水两相周期性体系，上层为油，下层为水，已充分弛豫。现想给底层水分子施加一个恒定的X方向速度，仿照培训班中金属棒剪切代码进行设置。
已选取图示框选水分子为“pullsol”，建立索引文件。以下为pull代码：
pull = yes
pull-ngroups = 1
pull-group1-name = pullsol
pull-ncoords = 1
pull-coord1-type = constraint
pull-coord1-geometry = direction
pull-coord1-groups = 0 1
pull-coord1-init = 0
pull-coord1-rate = 0.01
pull-coord1-vec = 1 0 0
pull-coord1-dim = Y N N
生成tpr文件时出现错误：参考原子与组内其他原子的最大距离大于盒尺寸的一半的0.5倍时，应选择放置在中心的原子作为pbcatom。
应该是“pull-coord1-groups”项设置的错误，是需要选择pullsol层中质心位置的原子作为参考原子吗？
尝试设置“pull-group1-pbcatom”项和“pull-coord1-origin”项，但不得要领，没有成功。
希望各位老师能指点一下。

FrancisCho

按我平时做伞式采样的SMD步骤，试试pull-coord1-geometry = direction-periodic？

kijsan

FrancisCho 发表于 2025-2-19 14:52
按我平时做伞式采样的SMD步骤，试试pull-coord1-geometry = direction-periodic？

谢谢您的回复。我试过了，还是不行。不过我试了试用accelerate，给水层一个加速度，倒是可以跑。不过这样是给的加速度。
我现在还在试其他方法，有没有可能是周期性体系的问题，请问您觉得从理论上来说用pull代码能实现给这个周期性体系水层一个恒定速度吗？

liyingxue

kijsan 发表于 2025-2-19 15:44
谢谢您的回复。我试过了，还是不行。不过我试了试用accelerate，给水层一个加速度，倒是可以跑。不过这样 ...

您好，请教一下您现在怎么对水层进行模拟的，成功了吗

牧生

deform功能可以实现剪切模拟。

但是看起来你的意思是想看某一个层中的分子/原子具有一定的速度，然后带动附近的分子/原子移动。这个应该是给某些分子/原子赋予一个初速度，然后跑MD。你看下这个是不是你想要的效果http://bbs.keinsci.com/thread-37958-1-1.html