Gromacs是否能用于判断水解反应的进行？

chenmoya · 发表于 Post on 2025-3-4 10:20:51

各位老师好，我想请教个问题：

我在模拟一个水解酶水解多肽的过程，由于文献报道该水解酶和多肽能够形成中间体（靠水解酶催化中心的半胱氨酸的巯基与多肽的C端羧基碳形成的硫酯键的中间体），因此目前模拟了该中间体100ns，取平衡阶段中的构象对该硫酯键的羰基附近3.5埃以内的水分子进行统计（除此之外，也从Bürgi–Dunitz角和二面角上对水进攻的能力进行判断），与连接酶（序列和结构均与水解酶高度相似）中水分布的个数进行比较，从而来划分水解酶和连接酶反应的差异。

以上是我模拟和统计数据的一个思路，但就目前得到的结果存在以下疑惑：通过上述方法统计水的个数是否能作为划分水解酶和连接酶反应的差异的思路，因为目前我平行模拟了4组连接酶和4组水解酶，得到的结果并不能支持我这个思路的可行性。

烦请各位老师指教，谢谢。

小congcong · 发表于 Post on 2025-3-14 19:58:57

你好我觉得或许可以提供一个参考我模拟的是聚糖在酸性条件下的水解也用的GMX 然后被审稿人说 MD无法模拟反应过程。

tptp · 发表于 Post on 2025-3-16 22:56:23

Gromacs不支持化学键断裂和生成

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-16 23:41:41

GMX本身没有办法模拟出化学反应，如果希望能模拟水解反应的发生，有一些解决方案：
1.可以考虑用反应力场，例：《利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例》
2.直接使用xTB中的一些半经验理论方法如GFN0-xTB。（好处是操作简单，无需手动处理力场；坏处是算的更慢）
3.使用QM/MM，用QM来算可能发生化学反应的部分,例:《Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样》

chenmoya · 发表于 Post on 2025-3-19 21:29:32

Stardust0831 发表于 2025-3-16 23:41
GMX本身没有办法模拟出化学反应，如果希望能模拟水解反应的发生，有一些解决方案：
1.可以考虑用反应力场 ...

谢谢老师提供的指导与建议

chenmoya · 发表于 Post on 2025-3-19 21:30:01

tptp 发表于 2025-3-16 22:56
Gromacs不支持化学键断裂和生成

谢谢老师的答复

chenmoya · 发表于 Post on 2025-3-19 21:32:17

小congcong 发表于 2025-3-14 19:58
你好我觉得或许可以提供一个参考我模拟的是聚糖在酸性条件下的水解也用的GMX 然后被审稿人说 MD无法模拟 ...

好吧，谢谢
我的想法是通过反应的中间体来看水解的酶会不会出现水分子进攻的几率更多来判断，是我想的有的简单了

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