请教关于乙醇溶液中的2PACz分子在氧化铟基底表面沉积的模拟

qz844

各位老师好！

我想做一个在在乙醇溶液中的2PACz分子在氧化铟基底表面沉积的模拟。想请教以下问题：
根据这篇参考文献: https://doi.org/10.1038/s41586-023-06667-4
氧化铟的表面会有羟基，2PACz分子会如下图主要跟羟基反应。


但是在另外一篇文献中：https://doi.org/10.1038/s41586-023-06745-7
作者给出了分子动力学模拟的演示视频表面没有羟基。


想请问各位我自己做模拟的时候需要手动把羟基给加上去么？就像下图一样给氧原子上面加一个氢原子。


如果是的话，我要怎么计算这个基底的RESP原子电荷呢，是计算单独的一个带羟基的氧化铟分子吗？
还有一个问题是，我打算用Gromacs做分子动力学模拟，我应该用packmol生成乙醇溶液的分子么？

谢谢各位老师！

sobereva

根本没贴图。仔细看置顶的社员必读贴了解怎么贴图

这不是算RESP电荷的场合，此时RESP相对于CHELPG等普通拟合静电势电荷没有额外好处。并且对于周期性表面应当算REPEAT电荷，仔细看下文里的相关描述了解特点和差异
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）


REPEAT电荷可以用CP2K算，这里说了：
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

qz844

sobereva 发表于 2025-3-5 06:02
根本没贴图。仔细看置顶的社员必读贴了解怎么贴图

这不是算RESP电荷的场合，此时RESP相对于CHELPG等普通 ...

非常感谢sob老师的回复！贴文已经重新编辑。看了您的文章已了解rigid molecules用CHELPG电荷已经足够了，周期性表面用REPEAT电荷。

还有两个问题想请教老师就是：羟基是分子与表面结合的关键，在文献中的MD模拟用的是Lammps，我看了Lammps的输入文件，他们既没有羟基，也没有溶剂（实际薄膜制备都有）。我在建模的时候需要把这两个加上去么？这篇文章是Nature上的，我不太确定他们的模拟是不是能近似实际情况。感谢老师的解答！

sobereva

qz844 发表于 2025-3-5 10:56
非常感谢sob老师的回复！贴文已经重新编辑。看了您的文章已了解rigid molecules用CHELPG电荷已经足够了， ...

你觉得理应加就加。如果有疑点可以直接发邮件问作者

qz844

sobereva 发表于 2025-3-5 12:45
你觉得理应加就加。如果有疑点可以直接发邮件问作者

好的，感谢老师！

ranyyx

您好请问您的氧化铟的cif文件是什么啊，我从cod上找的cif文件里面原子数很多是正常的吗

ranyyx

ranyyx 发表于 2025-3-24 21:00
您好请问您的氧化铟的cif文件是什么啊，我从cod上找的cif文件里面原子数很多是正常的吗

请教一下谢谢您了

qz844

ranyyx 发表于 2025-3-24 21:04
请教一下谢谢您了

是正常的，conventional cell就是这么多原子，你要少的得primitive cell

Stardust0831

qz844 发表于 2025-3-5 10:56
非常感谢sob老师的回复！贴文已经重新编辑。看了您的文章已了解rigid molecules用CHELPG电荷已经足够了， ...

我记得这篇正刊其实没有用反应力场，所以在他们的模拟过程中2PACz在ITO表面不会发生那个和羟基的反应。他们更关注的是2PACz的覆盖率和团聚之类的。

qz844

Stardust0831 发表于 2025-3-26 20:05
我记得这篇正刊其实没有用反应力场，所以在他们的模拟过程中2PACz在ITO表面不会发生那个和羟基的反应。他 ...

是的！好像是靠非键作用吸附到表面上，就看覆盖率和团聚来说的话这能不能近似实际情况呢？我看了您的帖子发现我关心的模拟问题跟您的很像，还请多多指教！