计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 605|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] sobtop在生成top文件过程中调用openbabel时闪退

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

19

eV
积分
25

Level 2 能力者

按照例5的生成聚合度为40的聚合物拓扑文件步骤的调用openbabel计算mmff94文件时闪退(已按提示更换了openbabel的实际路径),使用的mol2文件为例子提供的文件,现在不清楚是哪一步存在问题,请老师们解答!谢谢!

Neoprene_40.mol2

23.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

143

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1194

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2025-3-6 22:03:08 | 只看该作者 Only view this author
上传一下必要的文件呢?
愿艾欧尼亚之灵指引你。

6

帖子

0

威望

19

eV
积分
25

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-6 22:45:38 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-6 22:03
上传一下必要的文件呢?

文件用的就是例子示范文件,已上传

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120086

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-3-7 06:24:00 | 只看该作者 Only view this author
我这里没有任何问题


在命令行下运行看报错提示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

19

eV
积分
25

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-7 13:20:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-7 06:24
我这里没有任何问题


运行报错提示好像是这样的,一运行特别快就闪退了

6

帖子

0

威望

19

eV
积分
25

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-7 13:51:51 | 只看该作者 Only view this author
这是运行报错的提示,这是什么原因呢老师们,一运行就闪退

202503071350207360..jpg (184.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

202503071350207360..jpg

6

帖子

0

威望

19

eV
积分
25

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-7 17:05:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-7 06:24
我这里没有任何问题

报错的图片已经上传,提示貌似是什么文件找不到,老师这种情况一般是什么问题引起的

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120086

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2025-3-7 18:41:31 | 只看该作者 Only view this author
凯亚 发表于 2025-3-7 17:05
报错的图片已经上传,提示貌似是什么文件找不到,老师这种情况一般是什么问题引起的

确保openbabel版本用的和我的一样
并且把sobtop目录放到其它地方再试
也可以自己手动运行openbabel命令(与sobtop提示的命令相同)看是什么情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

19

eV
积分
25

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-7 20:54:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-7 18:41
确保openbabel版本用的和我的一样
并且把sobtop目录放到其它地方再试
也可以自己手动运行openbabel命令 ...

好的,换了目录试了试可以运行了,谢谢老师

47

帖子

0

威望

317

eV
积分
364

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2025-5-21 11:20:08 | 只看该作者 Only view this author
同学,可以分享一下Linux系统的openbabel安装包吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 13:06 , Processed in 0.177660 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list