如何计算两个不同分子之间的最小距离

好兄弟 · 发表于 Post on 2025-3-12 09:37:10

各位老师好：
学生想要模拟出两个不同分子之间的距离和能量曲线，从而找到最佳的最短距离，请问不做动力学是否有其他可行方案。

18217265596 · 发表于 Post on 2025-3-12 09:59:55

不做md不global 除非你的分子很小且几乎没有柔性

好兄弟 · 发表于 Post on 2025-3-12 13:33:50

18217265596 发表于 2025-3-12 09:59
不做md不global 除非你的分子很小且几乎没有柔性

好的，谢谢解答

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-13 06:44:00

跟动力学没任何直接关系
倘若你已经做了分子间距离的势能面扫描，直接取最小点对应的距离
实际当中最适合的考虑方式是用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）做分子二聚体构型搜索，对能量最低结构测量分子间距离（如质心距离、最近原子接触距离等）

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