GROMACS 2023.4版本rerun无法获得正确的能量

Lacrimosa · 发表于 Post on 2025-3-14 00:03:41

如题，使用同样的tpr和xtc文件进行rerun，2021.7版本和2023.4版本算出的结果相差巨大，
2023.4：
Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Potential                -33345.4       3.8 136.163 17.4864  (kJ/mol)

2021.7：
Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Potential                -24856.4       6.6 127.627 40.5307  (kJ/mol)

剩下的信息待进一步测试后进行补充。

Huschein · 发表于 Post on 2025-3-14 07:43:22

不过我有一个疑问就是你能不能用两个版本的gmx分别对之前的文件产生两个不同版本的tpr再测试一下会好些？因为gmx版本和tpr文件之间似乎有一些微妙的联系？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2025-3-14 13:07:29

Huschein 发表于 2025-3-14 07:43
不过我有一个疑问就是你能不能用两个版本的gmx分别对之前的文件产生两个不同版本的tpr再测试一下会好些？ ...

是的，我最开始就是重新制作tpr测试的，结果也还是一样

youknowdcf · 发表于 Post on 2025-7-30 08:55:38

看来更新版本还是很有必要的

Lacrimosa · 发表于 Post on 2025-8-2 10:13:47

youknowdcf 发表于 2025-7-30 08:55
看来更新版本还是很有必要的

新版本似乎都存在tip5p水模型的大体系bug, 目前看来还是2018.8综合表现最好

youknowdcf · 发表于 Post on 2025-8-17 17:38:52

Lacrimosa 发表于 2025-8-2 10:13
新版本似乎都存在tip5p水模型的大体系bug, 目前看来还是2018.8综合表现最好

我更新到了2024.5，同体系的计算速度相较于2019和2020.3要快不少。平时是做一些材料-生物分子互作的，对水的要求反而没那么高

HNUST · 发表于 Post on 2025-8-17 18:00:14

有点意思，我之前用也出过这个问题，好像是换成charmm力场就好了

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