水系电解液的结构优化求助

wilesyu · 发表于 Post on 2025-3-15 13:02:16

大佬们好，我做的是水性电解液，在结构优化过程中选择的是半经验优化，但即使开了半经验优化，时间也很长，请各位大佬指点一下脚本是否存在问题，小弟才入门，很多知识不太懂。

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-15 19:22:25

建议您手动检查结构。当前体系的结构很奇怪，可能导致scf难收敛。当前box明显过大，留了相当多的真空层，box很大时计算耗时也会明显变大。您可以讲讲当前模型是如何建模得到的。

wilesyu · 发表于 Post on 2025-3-15 20:27:39

Stardust0831 发表于 2025-3-15 19：22
建议您手动检查结构。当前体系的结构很奇怪，可能导致scf难收敛。当前box明显过大，留了相当多的真空层，bo ...

利用g6view画好小分子，然后用packmol生成盒子，这是我的结构。

wilesyu · 发表于 Post on 2025-3-15 20:39:18

Stardust0831 发表于 2025-3-15 19:22
建议您手动检查结构。当前体系的结构很奇怪，可能导致scf难收敛。当前box明显过大，留了相当多的真空层，bo ...

我又新建了一个pdb，麻烦您审阅一下，看看是否正常

reid · 发表于 Post on 2025-3-15 20:52:21

wilesyu 发表于 2025-3-15 20:39
我又新建了一个pdb，麻烦您审阅一下，看看是否正常

你建的盒子有点过大了，建议边长25以内就行。其实水溶液的话用Gromacs跑是最方便的，但是要想跑出合适配位数，必须要查V的合适参数。

wilesyu · 发表于 Post on 2025-3-15 20:59:15

reid 发表于 2025-3-15 20:52
你建的盒子有点过大了，建议边长25以内就行。其实水溶液的话用Gromacs跑是最方便的，但是要想跑出合适配 ...

好的，大佬

wilesyu · 发表于 Post on 2025-3-17 21:27:25

Stardust0831 发表于 2025-3-15 19:22
建议您手动检查结构。当前体系的结构很奇怪，可能导致scf难收敛。当前box明显过大，留了相当多的真空层，bo ...

我检查了一下分子结构，发现分硫酸根没画对。而且用multiwfn打开发现了不合理的键连。

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-17 21:28:29

wilesyu 发表于 2025-3-17 21:27
我检查了一下分子结构，发现分硫酸根没画对。而且用multiwfn打开发现了不合理的键连。

那就调整到结构合理、符合化学直觉为止

wilesyu · 发表于 Post on 2025-3-18 15:48:28

Stardust0831 发表于 2025-3-17 21:28
那就调整到结构合理、符合化学直觉为止

调整了一下结构。用的PBE加色散校正，开了ot。但对这个体系还是不太明确，总是感觉拿packmol插入分子是随机，没有考虑到不同离子之间的电性。而且收敛的趋势很不对。想在请教一下，这种体系在建立盒子结构的时候有啥技巧么？

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-18 16:17:22

wilesyu 发表于 2025-3-18 15:48
调整了一下结构。用的PBE加色散校正，开了ot。但对这个体系还是不太明确，总是感觉拿packmol插入分子是随 ...

你当前体系本身就更适合gmx来跑。如果是离子的话，把阴阳离子组成一个中性的整体，一起插入。

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