cp2k跑分子动力学对轨迹文件区分O类型作图问题

zaq1

大家好，我用cp2k做从头算分子动力学模拟，主要研究的是水化问题，现在想对轨迹文件中的O原子进行一个区分，有水中的O原子Ow，表面的O原子Ot，这两个我会区分，还有Onb和Ob这两类原子我不会区分，而且我已经用脚本把轨迹文件中所有的O原子区分为Ow，Ot了，现在想区分Onb，Ob，以完成化学键数量随时间变化图，应该怎么操作呢

liuyuje714

这不得看具体是如何定义的不同类型的氧。有定义才能区分

yxdd98

最简单的是你在cp2k输入文件里按照不同原子类型给氧原子命名了，这样在后处理程序（如VMD）里你就可以按照name选择了；其次如果部分原子类型的原子数目不多的话，你可以找到这些原子的序号，在VMD里通过index或serial选择；如果原子数目很多的话那可以考虑通过一些选择语句（比如键连关系、RDF给出的距离关系等）来选择了；如果你关心的原子类型连较固定的近邻关系都没有，那我也不清楚要怎么区分了