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[新手求助] 求助:请教大家这种室温构象变化图所需的数据如何得到?

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ps:文章没有提及是刚性扫描还是柔性扫描。

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发表于 Post on 2025-3-18 11:27:26 | 只看该作者 Only view this author
横坐标是关心的信息
推测应当是柔性扫描
对要研究的结构柔性扫描关心的几何信息即可得到每个点的结构,然后研究关心的性质即可

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3#
发表于 Post on 2025-3-19 13:25:08 | 只看该作者 Only view this author
当前没体现什么“室温”
仔细看下文
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 09:25:11 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2025-3-18 11:27
横坐标是关心的信息
推测应当是柔性扫描
对要研究的结构柔性扫描关心的几何信息即可得到每个点的结构,然 ...

好的

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5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 09:27:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 13:25
当前没体现什么“室温”
仔细看下文
详谈使用Gaussian做势能面扫描

目前我的理解室温只是一个作者限定的前提条件;感谢sob老师提供的博文,我会认真学习一下。

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喵星人

6#
发表于 Post on 2025-3-21 12:28:41 | 只看该作者 Only view this author
想体现室温的影响只能是通过热浴控制在室温下跑足够长时间的MD然后统计轨迹在待分析的这个集约变量(CV)上的投影,即获得一维的自由能分布(自由能面在该CV上的投影)

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