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[GROMACS] 求助:关于乙醇水体系过滤过程两侧压力设置问题

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请教下各位大佬,我想在膜左侧给乙醇和水5Mpa压力,在膜右侧设为大气压,这个应该如何实现呢?



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发表于 Post on 2025-3-19 13:34:24 | 只看该作者 Only view this author
左侧设个石墨烯之类的板用pull设常外力给液体加压,右边就当真空
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 13:11:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 13:34
左侧设个石墨烯之类的板用pull设常外力给液体加压,右边就当真空

感谢sob老师,我现在在乙醇水的左边设置了一个石墨烯层,怎么设置才能让他以一个完整平面推过去不散架呢,我设置了石墨烯层xy冻结z不冻结,给他z方向的力,但是跑完c原子全散了

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发表于 Post on 2025-3-20 15:11:47 | 只看该作者 Only view this author
哇酷哇酷 发表于 2025-3-20 13:11
感谢sob老师,我现在在乙醇水的左边设置了一个石墨烯层,怎么设置才能让他以一个完整平面推过去不散架呢 ...

C-C有bond项,不可能散,顶多是变形
如果变形厉害,可以增加二面角力常数,或者用比较厚的金属slab代替石墨烯
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-25 11:13:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-20 15:11
C-C有bond项,不可能散,顶多是变形
如果变形厉害,可以增加二面角力常数,或者用比较厚的金属slab代替 ...

sob老师好,我现在石墨烯不形变了,但是我施加5Mpa的压强,让他挤压乙醇和水,开始的前两帧是在挤压,但是后面就被乙醇和水反推回去。我一直加到快500Mpa才明显的把乙醇水推过去,500Mpa的pull constant force 的k是10000,石墨烯是7x5nm,乙醇185个,水是1890个。是不是水和乙醇太多了,盒子又比较小(石墨烯和过滤膜之间的空间大概是x,y,z=7,5,7),所以乙醇水的反推比较强。

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