求助：read data命令合并两个data文件

yyyyya

我用read data 命令合并了两个data文件 其中一个已经弛豫过 但我已经把所有在盒子外面的原子都改到盒子里面了  合并得到的data文件用ovito打开看起来没有问题  也可以正常跑模拟  但是我发现一旦点了unwrap trajectory 看起来就不太对了   想问一下大家这样是合理的吗

hjz_ncepu

您好，请问您合并的时候，有没有出现报错？我尝试用read data命令来合并TiO2底板和球形水分子，然后报错ERROR：Subsequent read data induced too many angles per atom (src/read_data.cpp:1763)。
我输入的in文件如下：
units          real            
dimension       3               
boundary        p p p         
atom_style      full      
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

#read_data                H2O-1.data extra/atom/types 2 extra/bond/per/atom 2  extra/angle/per/atom 1
read_data                TiO2-001.data extra/atom/types 2 extra/bond/types 1  extra/angle/types 1


#create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
               #extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1
#第二次调用read_data命令，读取Cu.data,offset关键字说明原子类型+1
#shift设置读取Cu模型后，Cu原子尺寸整体沿-y方向偏移22埃米

#read_data                TiO2-001.data add append offset 2 0 0 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个
read_data                H2O-1.data add append group H2O offset 2 1 1 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个

write_data                he.data
水的data文件开头如下：LAMMPS data file via write_data, version 29 Aug 2024, timestep = 0, units = real

4110 atoms
2 atom types
2740 bonds
1 bond types
1370 angles
1 angle types

0 111.9 xlo xhi
0 111.9 ylo yhi
0 100.01 zlo zhi

Masses

1 15.9994
2 1.008
TiO2文件的开头如下：
LAMMPS Description

     32400  atoms
     21600  bonds
     0  angles
     0  dihedrals
     0  impropers

    2  atom types
    1  bond types
    1 angle types
     0  dihedral types
     0  improper types

  0 111.9 xlo xhi
  0 111.9 ylo yhi
  0 100.01 zlo zhi

Masses

1 47.8670  # Ti
2 15.9994  #
想向您请教一下，我这样运行报错的原因是什么呢

Graphite

这只是显示问题，因为wrap/unwrap只是调整显示的镜像flag，而合并的时候有时因为文件的flag并没有统一约定（换句话说“参考系”问题），所以偶有显示错误。
不过只要两个体系在合并时，总体的周期性关系本身没问题、能正常跑、跑出来的轨迹是合理的，就不用管它。