多粘菌素E甲磺酸盐的水相结构及RESP电荷计算的问题

T0ma

请问各位老师，我需要得到一个甲磺酸盐化脂肽（多粘菌素E甲磺酸盐）的水相稳定结构，pdb数据库中只有该脂肽（未甲磺酸修饰）和一种大蛋白配对的结构。我从该文件中提取了脂肽部分，因为不是标准的蛋白质结构，不能直接用pdb2gmx处理。另外我还需要在GaussView中对该脂肽的某些氨基手动添加甲磺酸结构。以下是多粘菌素E甲磺酸盐的结构：


我的问题是
1.这个多肽本身无固定的三级结构，原始结构是与蛋白配对的，且已经人为修饰，这种情况下是否需要先opt，以得到水溶剂中的稳定结构？如果是的话，1500Da左右的分子量用什么泛函和基组比较合适？我们的服务器是intel 6348，计算资源有限。

2. 我需要用multiwfn构建拓扑文件并计算RESP电荷，直接整个体系在ORCA中计算得到波函数文件可以吗？我自己设想删掉所有非蛋白部分，先pdb2gmx得到环状多肽的电荷，再分别计算烷基链和甲磺酸修饰氨基酸的RESP电荷，但不知是否合理并且可行。

sobereva

1 始终说原子数别说分子量。用半经验级别如PM6-D3H4、GFN2-xTB粗略优化一下就够了，几分钟以内完事
2 Multiwfn没有创建拓扑文件的功能，那是sobtop的事。可以用ORCA产生波函数文件然后给Multiwfn算RESP电荷。你说的做法可以，届时Multiwfn算RESP电荷时，已经有原子电荷的原子的电荷约束保持不变

T0ma

sobereva 发表于 2025-3-20 12:47
1 始终说原子数别说分子量。用半经验级别如PM6-D3H4、GFN2-xTB粗略优化一下就够了，几分钟以内完事
2 Mult ...

好的，谢谢社长。请问波函数文件也用半经验级别吗？还是要用B3LYP之类的泛函？

sobereva

T0ma 发表于 2025-3-20 13:28
好的，谢谢社长。请问波函数文件也用半经验级别吗？还是要用B3LYP之类的泛函？

B3LYP