再求分析3ATL例子中的covar得到的eignvalues全是0

BaoH025 · 发表于 Post on 2025-3-21 23:05:05

本帖最后由 BaoH025 于 2025-3-25 13:07 编辑

各位老师打扰了，试了下卢老师3ATL例子中的协方差问题，得到的结果不对（alph-C的eignvalues全是0），想知道哪里出错了。
自己也试了下2021.7的版本，也全是0.
试了-pbc，试了-fit rot+trans，
尝试用了md.tpr或者某一帧.gro做参考结构好像还是0.
我可能没理解某个过程，但现在为何一直是0？
我尝试点了MOL而不是alph-C做分析就不是0了。
图中版本是2024.4.
谢谢，打扰了

BaoH025 · 发表于 Post on 2025-3-21 23:08:46

2021.7的版本是直接将2024.4的结果复制过去用covar命令。这个例子中MOL应该指得是配体小分子。

BaoH025 · 发表于 Post on 2025-3-24 11:47:35

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