MCPB.py生成的含铁蛋白，Gaussian无法收敛，尝试了帖子中的方案，仍然无效

停云云 · 发表于 Post on 2025-3-22 20:56:59

各位老师好：
我最近想要在gromacs上跑一个含铁蛋白的分子动力学模拟，根据http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html帖子指导构建后期可以用于MD的参数文件。逐步执行到第四步” g16 < 1mlw_small_opt.com > 1mlw_small_opt.log “出现g16无法收敛的情况，然后根据http://sobereva.com/61帖子中方案一一尝试，到11，都没有好的效果，因为sob老师说非必要不要尝试10，所以前期是前九个方案依次叠加，但都无法解决不收敛的问题，所以最终采用了第10个方案，也无法收敛，由于初始com文件是基于MCPB.py生成的，不知如何检查结构问题，所以暂时没有考虑结构不合理的情况。目前有以下疑问：
1. 之前对http://sobereva.com/61前10个方案采取的是逐个叠加，是否需要通过不同方案排列组合再尝试，或者第10个方案与前9个排列组合？
2. 对于含铁的蛋白，是否有比MCPB.py更好的，后期可以用于gmx的，生成参数的方案？
前期对于帖子中前9个方案的尝试的log文件没有保留，下面是这几天保留的log文件，我也做了一个简单的汇总，并且原始的com文件也一并上传（太大的log不能贴上来，有一个word总结了一下命令和报错）。

protein_small_opt.com (1.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

protein_small_opt.zip (519.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

protein_small_opt_2.log (154.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

protein_small_opt_3.zip (522.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

protein_small_opt_5.zip (877.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

protein_small_opt_6.log (141.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

报错.docx (11.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-23 08:36:52

始终记住，先确保结构没有硬伤，然后才是计算的事。

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
非常明确说了

需要注意的是，化学意义越强的结构、电子态通常越容易收敛。诸如成键方式普通的有机分子在平衡结构下计算基态时SCF极少会碰到不收敛的情况。遇到非常难收敛的情况一定要注意是否有以下问题：
1. 某些原子间距离太近
2. 用的结构相对于真实的结构有严重变形，此时电子结构很诡异
3. 搭建的结构异想天开（对体系特征缺乏基本的认识、缺乏结构化学基本常识），或者存在严重不合理性（如该有氢的地方少了氢，用簇模型计算时没有对被截断的共价键进行饱和）
...

别都不好好检查结构合理性就盲目用文中的各种做法试图解决SCF不收敛。博文要阅读完整

我就看了protein_small_opt_2.log，怎么可能和Fe配位的N的上面还有氢？明显不符合基本的配位化学常识。而且Fe的配位怎么会明显不饱和（下面一大块都空着）？

PS：这个体系我拿去当北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）里的反面教材了

停云云 · 发表于 Post on 2025-3-23 11:19:41

sobereva 发表于 2025-3-23 08:36
始终记住，先确保结构没有硬伤，然后才是计算的事。

解决SCF不收敛问题的方法

谢谢老师的回答，由于我生成结构是按照根据http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html帖子生成的，且第一次用高斯这样操作，以前跑gmx居多，所以没有想到检查结构的问题。

TretopL · 发表于 Post on 2025-3-23 13:27:33

mcpb.py的com文件，是完全可以，或者说必须自行修改初猜和（/或）方法（默认的b3lyp/6-31g*很多时候描述不好金属配位体系）的。如果有配体没被选上，可以试试把mcpb.in里面的cutoff调大些。但是注意修改初猜的时候不能改变原子顺序，不能增减原子。

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