vasp计算表面吸附能提问

GHR1111

用vasp计算金属表面吸附能的时候如果不知道初始的结合位点，能否跑一遍md看看大致结合情况，然后用md结果显示的吸附位置与摆放方法求得吸附能

Lance先生

之前我们的做法是多找几个可能的点跑一下优化，把原子放上去，之后查看CONTCAR，对比几种可能构型的能量。能不能用MD先测试的这还真不知道。

qczcb2

可以直接拿表面结合genmer生成初猜，，用molclus在GFN0-xTB或GFN1-xTB优化看哪个能量最低

GHR1111

qczcb2 发表于 2025-3-25 09:18
可以直接拿表面结合genmer生成初猜，，用molclus在GFN0-xTB或GFN1-xTB优化看哪个能量最低

请问是把分子随意摆放在表面上后利用genmer生成初猜文件吗

qczcb2

GHR1111 发表于 2025-3-25 20:16
请问是把分子随意摆放在表面上后利用genmer生成初猜文件吗

不是，是把表面和小分子各当作一个单体，禁用表面的旋转，并把表面中心位置作为原点。然后生成结构即可。建议使用范德华半径，用共价半径容易导致表面变形。比如这样:
ngen= 100  // The number of configurations expected to be generated. Default: 1
ngenmust= 0  // The number of configurations must to be generated. Default: 0 (No requirement)
step= 0.1  // Step size to grow monomer from cluster center, larger value leads to faster calculation but lower accuracy. Default: 0.1
ishuffle= 0    // 0: Don't shuffle the sequence of monomer types  1: Shuffle the sequence. Default: 0
imoveclust= 0    // 1: Move geometry center of the constructed clusters to (0,0,0)  0: Keep initial position. Default: 1
irandom= 1    // 0: Result of each time of execution will be identical  1: Will be different to due use of different random seed in each run. Default: 1
iradtype= 1   // 0: Use CSD covalent radii to detect contacts  1: Use Bondi vdW radii. Default: 1
radscale= 1.0  // Scale factor of atomic covalent and vdW radii. Default: 1.0
maxemit= 100000  // The maximum number of attempts of emitting monomer. Default: 300
---- Below are number (may with options) and .xyz file of each type of monomer ----
1 rmax 0 norot cenxyz 2.94947   5.10149   5.14544
Co2P-0001.xyz
1 zmin 0 xmin -3 ymin -3 xmax 3 ymax 3
H.xyz