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[GROMACS] gromacs在加热过程中报错显示总势能太高

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本帖最后由 王肖索 于 2025-3-24 16:43 编辑

各位老师我的体系在进行gromacs中跑500ns时因为在210ns体系分离,所以我以中间分离前的体系(200ns)为初始体系重新进行600ns,我先在无配体的情况下可以跑600nsMD,但加了配体后(配体跑了200ns,配体单独成链,用ue调整了,还有除了自身的几条链其他都删除)以后,重新跑但是在平衡加热过程中,报错显示总势能过高,事先用的是sobtop的过程得到配体的文件,在gromacs用的是charmm,各位老师请教一下是不是这个的原因?还是配体跑了200ns,配体itp文件需要重新生成?(结构,拓扑文件修改?)

报错.png (227.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

报错.png

full1.mdp

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MOL.itp

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2#
发表于 Post on 2025-3-25 22:59:50 | 只看该作者 Only view this author
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件根本不兼容CHARMM力场。不要在缺乏力场的基本常识的情况下胡乱混用
蛋白质力场应当用和GAFF完美兼容的AMBER(目前推荐14SB)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-26 13:59:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-25 22:59
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件根本不兼容CHARMM力场。不要在缺乏力场的基本常识的情况下胡乱混用
蛋白质 ...

好的,谢谢sob老师的解答

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