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[GROMACS] 有机小分子体系的平衡相是否达到平衡?

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各位老师们好,有机小分子体系的平衡相怎么样才会达到平衡,下面是一些有关平衡相最终的压力,密度,总能量,温度等数据,以及我的eq.mdp文件。

eq_density.png (20.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

最终的密度

最终的密度

eq_energy.png (20.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

最终的能量

最终的能量

eq_pressure.png (19.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

最终的压力

最终的压力

eq_tem.png (19.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

最终的温度

最终的温度

density.png (32.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

density.png

Pres.png (81.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Pres.png

tt_energy.png (37.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

tt_energy.png

Tem.png (36.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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eq.mdp

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发表于 Post on 2025-3-25 14:46:00 | 只看该作者 Only view this author
你再考察一下势能吧,从总能来看模拟2ns是平衡了。
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-25 20:48:39 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-25 14:46
你再考察一下势能吧,从总能来看模拟2ns是平衡了。

势能也平衡了

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发表于 Post on 2025-3-25 22:35:31 | 只看该作者 Only view this author

那就是平衡了,就可以做MD的产出项模拟了。
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发表于 Post on 2025-3-25 22:43:53 | 只看该作者 Only view this author
认真看了就明白了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-26 09:15:52 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-25 22:35
那就是平衡了,就可以做MD的产出项模拟了。

谢谢你,但是我还是不太明白它这个后面的Tot-Drift是什么意思?有的显示很大,有的很小,需要根据Tot-Drift做对比吗?还是说只需要看曲线是否平衡?

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发表于 Post on 2025-3-26 13:54:09 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-26 09:15
谢谢你,但是我还是不太明白它这个后面的Tot-Drift是什么意思?有的显示很大,有的很小,需要根据Tot-Dri ...

Tot-Drift就是终态和初态的某个量的差值或者偏移值。一般是只看曲线的后半段,我感觉看Tot-Drift是有误导性的。
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-26 14:42:20 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-26 13:54
Tot-Drift就是终态和初态的某个量的差值或者偏移值。一般是只看曲线的后半段,我感觉看Tot-Drift是有误导 ...

谢谢你了,还有就是我想问一下在能量最小化过程中需要进行氢键约束吗?还有就是一般情况下使用C-rescale压浴时控压时间常数一般设置为多少ps呀?

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发表于 Post on 2025-3-26 15:58:18 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-26 14:42
谢谢你了,还有就是我想问一下在能量最小化过程中需要进行氢键约束吗?还有就是一般情况下使用C-rescale ...

1.能量最小化好像是不对氢键进行约束。
2.你是说平衡相需要模拟多久吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-26 16:17:36 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-26 15:58
1.能量最小化好像是不对氢键进行约束。
2.你是说平衡相需要模拟多久吗?

1.我知道啦
2.我想问的是产生相如果用C-rescale压浴的话,那么它的压浴时间常数应该设置成多少呀?
还有就是我想问一下平衡相一般模拟多长时间就可以了呀?

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发表于 Post on 2025-3-26 17:16:53 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-26 16:17
1.我知道啦
2.我想问的是产生相如果用C-rescale压浴的话,那么它的压浴时间常数应该设置成多少呀?
还 ...

压浴时间常数我用的是2.0,这个参数好像一般不用改吧,用默认就行。
平衡模拟时间用多久这个没法回答,具体还得看你做什么模拟。一般就是提取几个物理量,看与时间的变化,一般这几个物理量的上下起伏不大就说明平衡了,模拟时间你自己斟酌吧。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-26 17:40:08 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-26 17:16
压浴时间常数我用的是2.0,这个参数好像一般不用改吧,用默认就行。
平衡模拟时间用多久这个没法回答, ...

那这个参数用1.0可以吗?

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发表于 Post on 2025-3-26 19:42:13 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-26 17:40
那这个参数用1.0可以吗?

那你就换成1.0测试一下呗,我的哥,这种参数按照默认的就行。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-26 20:25:04 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2025-3-26 19:42
那你就换成1.0测试一下呗,我的哥,这种参数按照默认的就行。

  

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