想用G16做Oniom计算，准备输入文件tleap出错

superrice

1. 首先想请教一下大家，做想用G16做晶体的Oniom计算，有啥好的建模方法吗。
2. 准备输入文件时出错，说C14不匹配，但是我没看明白哪里不匹配了。。还求助下大家帮我看看是哪里有问题

计算了单分子的resp电荷，然后用antechamber生成了prep和frcmod文件
用tleap生成prmtop和inpcrd的时候出错，报错信息如下：
-I: Adding /public/apps/amber24/dat/leap/prep to search path.
-I: Adding /public/apps/amber24/dat/leap/lib to search path.
-I: Adding /public/apps/amber24/dat/leap/parm to search path.
-I: Adding /public/apps/amber24/dat/leap/cmd to search path.
-f: Source tleap.inp.

Welcome to LEaP!
(no leaprc in search path)
Sourcing: ./tleap.inp
----- Source: /public/apps/amber24/dat/leap/cmd/leaprc.gaff
----- Source of /public/apps/amber24/dat/leap/cmd/leaprc.gaff done
Log file: ./leap.log
Loading parameters: /public/apps/amber24/dat/leap/parm/gaff.dat
Reading title:
AMBER General Force Field for organic molecules (Version 1.81, May 2017)
Loading Prep file: ./rodlike.prep
Loading parameters: ./rodlike.frcmod
Reading force field modification type file (frcmod)
Reading title:
Remark line goes here
Loading PDB file: ./test.pdb

/public/apps/amber24/bin/teLeap: Error!
Comparing atoms
        .R<ROD 1>.A<C10 33>,
        .R<ROD 1>.A<H11 2>,
        .R<ROD 1>.A<H12 3>, and
        .R<ROD 1>.A<H13 4>
       to atoms
        .R<ROD 1>.A<C14 5>,
        .R<ROD 1>.A<C10 33>,
        .R<ROD 1>.A<H13 4>, and
        .R<ROD 1>.A<H11 2>
       This error may be due to faulty Connection atoms.
!FATAL ERROR----------------------------------------
!FATAL:    In file [/public/software/Amber24/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/chirality.c], line 140
!FATAL:    Message: Atom named C14 from ROD did not match !
!
!ABORTING.

风起~

看你的样子，外层是准备冻结的
用gaff力场真的特别麻烦，直接UFF力场加resp电荷就行
你觉得级别差了点，也可以pm6d3做外层
gaff参数在高斯里面的格式转换真的挺麻烦的，当初不会写代码的时候一个一个改格式 真是要命

superrice

风起~ 发表于 2025-3-25 16:29
看你的样子，外层是准备冻结的
用gaff力场真的特别麻烦，直接UFF力场加resp电荷就行
你觉得级别差了点， ...

嗯，有道理，UFF确实方便多了。之前做无定形的时候用的TAO的工具包，相对比较方便。但是这次晶体的，原子序号对不上，有点麻烦