求助两个有机小分子之间查看相互作用需要用什么方法

Ruzhuang

尊敬的sob老师，各位大佬，我想请教一下两个有机小分子A和B，比例是5比2，在水溶剂中实验现象能观测到B能拽住A，这种需要用什么方法模拟一下它们之间的相互作用呢，应该没有发生化学变化（不知道分类到哪个板块，还请各位老师批评指正）

Stardust0831

两个思路，
第一个思路是用量子化学软件（如ORCA）计算分子间的结合能，见《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》（http://sobereva.com/542）
然后用Multiwfn分析相互作用的区域和作用类型，见：Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
但是该思路研究的尺度有限，通常也只会用隐式溶剂模型来表现水的溶剂环境，体现不出“在水溶剂中实验现象能观测到B能拽住A”
第二个思路：
用GMX跑分子动力学模拟，然后分析RDF和分子间相互作用能。该方法可以计算明显更大的尺度，溶剂效应也能更好的体现，但是计算精度和可靠性严重依赖于力场的参数。通常可以借助sobtop生成拓扑文件。

gyp

好奇B能拖拽住A是怎么观测到的

sobereva

量子化学、Multiwfn做波函数分析、分子动力学，三种研究角度是充分互补的。量子化学能得到高精度的能量和静态结构信息，波函数分析能直观展现相互作用以及剖析相互作用的内在本质，分子动力学可以从微观的动态角度研究问题并能严格体现出溶剂、温度、分子比例等效应。同时运用能把问题研究得最透彻，也容易让研究有深度、上档次。