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[Amber] amber与gaussian结合用QM/MM MD方法是否可以计算离子液体催化CO2反应机理?

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ambertools与gaussian结合用QM/MM MD方法是否可以计算离子液体催化CO2反应机理?谢谢!

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发表于 Post on 2017-3-8 16:52:11 | 只看该作者 Only view this author
可能能行,先搜文献,若有QM/MM MD做这个的先例可以一试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-8 17:14:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-8 16:52
可能能行,先搜文献,若有QM/MM MD做这个的先例可以一试

没有搜到这种文献。那是否可以接着往下试呢?谢谢!

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发表于 Post on 2017-3-8 20:27:54 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-3-8 17:14
没有搜到这种文献。那是否可以接着往下试呢?谢谢!

这个不好说,要么是个机会,要么是个大坑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-8 21:27:13 | 只看该作者 Only view this author

ambertools与gaussian结合跑QM/MM MD

ambertools与gaussian结合跑QM/MM MD  是不是得装PUPIL package (Program for User Package Interfacing and Linking)呀?

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发表于 Post on 2017-3-9 00:04:57 | 只看该作者 Only view this author
try cp2k...

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发表于 Post on 2017-3-9 01:16:23 | 只看该作者 Only view this author
不需要啊,sander可以直接外接gaussian跑QM/MM,就是有点慢

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发表于 Post on 2017-3-9 08:19:56 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2017-3-9 11:04:04 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-3-8 21:27
ambertools与gaussian结合跑QM/MM MD  是不是得装PUPIL package (Program for User Package Interfacing an ...

既然都有教程了,一看不就知道是否需要PUPIL了,显然不需要,教程里根本都只字未提
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-10 10:32:49 | 只看该作者 Only view this author
http://sf.anu.edu.au/collaborati ... gaussian/index.html
这个例子的第一步, Start tleap:
是怎么操作的,在哪打开tleap?谢谢!

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发表于 Post on 2017-3-10 11:10:27 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-3-10 10:32
http://sf.anu.edu.au/collaborations/amber_on_fujitsu/amber-12/tutorial/amber-gaussian/index.html
这 ...

研究问题踏实耐心
你amber基础使用还不会怎么用它做QMMM,显然先得把官网上的教程里的基础部分好好学一遍,基础的没学过自然不知道什么叫leap、怎么使用,QMMM教程里的东西你也搞不懂
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-10 11:37:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-10 11:10
研究问题踏实耐心
你amber基础使用还不会怎么用它做QMMM,显然先得把官网上的教程里的基础部分好好学一 ...

哦 好的 谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-29 21:22:20 | 只看该作者 Only view this author

cp2k确定可以跑QM/MM MD?是可以单独跑吗?

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发表于 Post on 2017-3-30 01:06:28 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-3-29 21:22
cp2k确定可以跑QM/MM MD?是可以单独跑吗?

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-30 09:18:48 | 只看该作者 Only view this author
我想问下用哪个软件跑QM/MM MD最好呢?谢谢!

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