求助：Gaussian与xtb程序联用搜索过渡态时报错

失活催化剂 · 发表于 Post on 2025-3-27 11:05:12

本帖最后由失活催化剂于 2025-3-27 12:07 编辑

各位老师好，最近在尝试使用sob老师（http://sobereva.com/421）文章中提及的方法，进行Gaussian与xtb程序联用搜索过渡态。在将脚本及输入文件修改好进行计算时，它产生了一个“ Failed to open output file from external program.”的报错信息，计算生成的文件中也没有看到有以“.EOu”结尾的输出文件。我做过以下修改：在提交脚本中进行了核心数的设定，因此把sob老师的提供的"xtb.sh"脚本中计算核心数的两行删去了，并在两处添加了溶剂模型的关键词。想请教一下各位老师是我脚本设置的问题吗？还是说是由其他的什么原因造成的。
以下分别是报错输出文件、提交计算时使用的脚本、“xtb.sh”脚本以及高斯输入文件。所使用的软件版本分别是 Gaussian 16, C.01；xtb 6.6.0

ts.gjf (5.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

xtb.sh (1.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

xtb_opt.pbs (454 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

ts.out (71.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

F-out-con-t20-cb8-opn.gjf (35.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-3-27 11:20:36

这是要找什么过渡态呢，C4-C2-C10-C9-C12-C11的电环化开/关环？如果C25和C24接的两串长基团不参与反应，不如直接简化成氢然后对剩下的小体系直接在Gaussian里用DFT搜过渡态，找到之后再把基团接上去找实际体系的过渡态，省得折腾外部脚本。

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-27 11:24:50

检查脚本是否有运行权限。如果没有，用chmod命令给执行权限。
确保xTB本身可以正确被调用。

失活催化剂 · 发表于 Post on 2025-3-27 12:23:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-27 11:20
这是要找什么过渡态呢，C4-C2-C10-C9-C12-C11的电环化开/关环？如果C25和C24接的两串长基团不参与反应，不 ...

谢谢您，我目前是在找这个分子单体和链状堆积起来套在CB8环中时，开关环过程中存在的过渡态，然后对比套环前后的能垒变化。单体分子两侧的基团分别会和另外的这样的分子侧链基团产生ΠΠ堆积形成链状结构，并且嵌套在CB8环中形成超分子体系。具体就是比较下图中这两个分子的开关环情况，下面的链接是图二的结构。

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ziyonchen2 · 发表于 Post on 2025-3-27 13:13:33

不知道实验有没有用uv/vis激发。这种diarylethene的光化学也许要考虑激发态与基态的交叉。

失活催化剂 · 发表于 Post on 2025-3-27 17:05:25

本帖最后由失活催化剂于 2025-3-27 17:12 编辑

Stardust0831 发表于 2025-3-27 11:24
检查脚本是否有运行权限。如果没有，用chmod命令给执行权限。
确保xTB本身可以正确被调用。

我尝试了您说的给“xtb.sh”添加上可执行权限，但是它依然会报“Failed to open output file from external program.”这个错误，xtb也是可以正常使用的，之前有用xtb计算过这个分子的结构优化

失活催化剂 · 发表于 Post on 2025-3-27 17:17:10

ziyonchen2 发表于 2025-3-27 13:13
不知道实验有没有用uv/vis激发。这种diarylethene的光化学也许要考虑激发态与基态的交叉。

实验上做过单个分子的激发，也已经计算过单分子激发态的有关计算，但是由于套环后分子太大了，就没做过套环的激发态相关的计算

naonao5205 · 发表于 Post on 2025-3-27 18:42:19

失活催化剂发表于 2025-3-27 17:05
我尝试了您说的给“xtb.sh”添加上可执行权限，但是它依然会报“Failed to open output file from extern ...

考虑把xtb.sh的xtb命令全部改成绝对路径？
我用slurm提交的是要写绝对路径，不知道pbs是不是也要这样
因为看起来output里面只有echo的信息，没有执行xtb，可能是xtb找不到。

失活催化剂 · 发表于 Post on 2025-3-27 19:26:38

naonao5205 发表于 2025-3-27 18:42
考虑把xtb.sh的xtb命令全部改成绝对路径？
我用slurm提交的是要写绝对路径，不知道pbs是不是也要这样
...

谢谢各位的指导，我重新尝试了在：extdri , genxyz , xtb.sh 都使用chmod +x 添加了可执行权限后，目前已经可以正常进行过渡态的联用计算了。谢谢大家

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