请教各位老师关于水中rdf(O-O)和rdf(H-O)的问题

xxx127 · 发表于 Post on 2025-3-28 23:17:38

rdf(O-O)中的第一个峰形成原因是氢键，rdf(H-O)第一个峰形成原因是是水分子中H-O键，而第二个峰形成原因是氢键。
那rdf(O-O)中的第一个峰和rdf(H-O)第二个峰是不是应该横纵坐标都相差不大，但是我简单实验了一下为什么两者间还是有一定差距的。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-3-29 11:05:07

形成O-H···O氢键仅需原子坐标满足http://bbs.keinsci.com/thread-45545-1-1.html二楼所说的几何判据，不要求三原子一定共线，自然不存在对应rdf峰“相差不大”的说法。

xxx127 · 发表于 Post on 2025-3-29 12:20:02

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-29 11:05
形成O-H···O氢键仅需原子坐标满足http://bbs.keinsci.com/thread-45545-1-1.html二楼所说的几何判据，不 ...

明白了，即：两个峰形成原因都是氢键和两个峰的形态无关并不矛盾。
还想进一步请教一下，如果我要分析氢键，用O-O好些还是H-O呢？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-3-29 13:46:12

xxx127 发表于 2025-3-29 12:20
明白了，即：两个峰形成原因都是氢键和两个峰的形态无关并不矛盾。
还想进一步请教一下，如果我要分析 ...

分析氢键的具体什么？氢键除了几何特征以外还有数量、寿命等，可以看看GROMACS手册对gmx hbond指令功能的介绍。RDF是从原子径向分布角度统计的全体系的结构特征，并不只表现氢键的形成；如果你只关心氢键，用gmx hbond就能直接获得距离或者角度分布。

xxx127 · 发表于 Post on 2025-3-29 14:10:23

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-29 13:46
分析氢键的具体什么？氢键除了几何特征以外还有数量、寿命等，可以看看GROMACS手册对gmx hbond指令功能的 ...

哦哦，是我表述不清。
我关心的是全体系的结构特征，例如O-O径向分布第一个峰除了表现氢键的形成还能表现哪些呢？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-3-29 16:44:54

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-3-29 17:06 编辑

xxx127 发表于 2025-3-29 14:10
哦哦，是我表述不清。
我关心的是全体系的结构特征，例如O-O径向分布第一个峰除了表现氢键的形成还能表 ...

……我不知道你期待的“还能表现哪些”的答案长什么样。RDF的峰说明离参考原子某某距离的壳层内被统计原子的密度较大，这是包括体系里水模型及其相互作用、热运动温度等很多动态因素影响的最终结果。至于把它与氢键联系起来，我觉得单从论证的严谨性而言，至少得观察过轨迹确认有氢键、按氢键几何判据统计距离分布以后发现其峰与RDF峰的位置比较相符，才能下“RDF这个峰有部分由形成氢键来贡献”之类的结论，即使这确实也是公认常识……

编辑：表征液相体系结构特点的一般方法挺多的，也不必只抓着RDF不放，可以看看Nat Rev Phys 1, 333–348 (2019)这篇综述。

xxx127 · 发表于 Post on 2025-3-29 21:46:29

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-29 16:44
……我不知道你期待的“还能表现哪些”的答案长什么样。RDF的峰说明离参考原子某某距离的壳层内被统计原 ...

感谢老师的耐心回复！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 请教各位老师关于水中rdf(O-O)和rdf(H-O)的问题