求助：packmol生成盒子跑完em纤维素为什么不在盒子中间

马天湉 · 发表于 Post on 2025-4-1 10:53:58

本帖最后由马天湉于 2025-4-1 10:53 编辑

已经限制了纤维素在盒子中间但是跑完em纤维素不在盒子中间是为什么？

含光君 · 发表于 Post on 2025-4-1 11:18:29

packmol的input文件又不控制gmx运行，用gmx跑em分子位置当然会有变化。

你想gmx跑完后还在盒子中心直接gmx trjconv 后面加上 -center 就行了

马天湉 · 发表于 Post on 2025-4-1 15:11:55

含光君发表于 2025-4-1 11:18
packmol的input文件又不控制gmx运行，用gmx跑em分子位置当然会有变化。

你想gmx跑完后还在盒子中心直接g ...

感谢！！

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